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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v4q | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli at 3.5 A resolution. | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / RNA-protein complex / 30S RIBOSOMAL SUBUNIT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to reactive oxygen species / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / : / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Schuwirth, B.S. / Borovinskaya, M.A. / Hau, C.W. / Zhang, W. / Vila-Sanjurjo, A. / Holton, J.M. / Cate, J.H.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2005 タイトル: Structures of the bacterial ribosome at 3.5 A resolution. 著者: Barbara S Schuwirth / Maria A Borovinskaya / Cathy W Hau / Wen Zhang / Antón Vila-Sanjurjo / James M Holton / Jamie H Doudna Cate / 要旨: We describe two structures of the intact bacterial ribosome from Escherichia coli determined to a resolution of 3.5 angstroms by x-ray crystallography. These structures provide a detailed view of the ...We describe two structures of the intact bacterial ribosome from Escherichia coli determined to a resolution of 3.5 angstroms by x-ray crystallography. These structures provide a detailed view of the interface between the small and large ribosomal subunits and the conformation of the peptidyl transferase center in the context of the intact ribosome. Differences between the two ribosomes reveal a high degree of flexibility between the head and the rest of the small subunit. Swiveling of the head of the small subunit observed in the present structures, coupled to the ratchet-like motion of the two subunits observed previously, suggests a mechanism for the final movements of messenger RNA (mRNA) and transfer RNAs (tRNAs) during translocation. | |||||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS PART OF THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICAL ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS PART OF THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICAL UNIT CONSISTS OF TWO SUBUNITS. THERE ARE 2 BIOLOGICAL UNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT. | |||||||||
Remark 400 | COMPOUND THIS FILE, 2AVY, CONTAINS THE 30S SUBUNIT OF ONE 70S RIBOSOME. THE ENTIRE CRYSTAL ...COMPOUND THIS FILE, 2AVY, CONTAINS THE 30S SUBUNIT OF ONE 70S RIBOSOME. THE ENTIRE CRYSTAL STRUCTURE CONTAINS TWO 70S RIBOSOMES AND ARE DEPOSITED UNDER: 70S RIBOSOME ONE: 2AVY (30S SUBUNIT), 2AW4 (50S SUBUNIT) 70S RIBOSOME TWO: 2AW7 (30S SUBUNIT), 2AWB (50S SUBUNIT) | |||||||||
Remark 600 | HETEROGEN RESIDUE MO4 at 38 HAS SQUARE-PLANAR HYDRATION OF MG2+. RESIDUES MO4 at ...HETEROGEN RESIDUE MO4 at 38 HAS SQUARE-PLANAR HYDRATION OF MG2+. RESIDUES MO4 at 10,16,30,31,34,40,43,44,51 HAVE 2 VICINAL WATERS MISSING FROM HYDRATION OF MG2+. RESIDUES MO3 at 11,48 HAVE ALL WATER BONDS MUTUALLY ORTHOGONAL TO OTHER MG2+-WATER BONDS. RESIDUES MO3 at 4,9,53 HAVE ALL WATERS AND MG2+ IN-PLANE. RESIDUE MO2 at 35 HAS ALL WATERS AND MG2+ ORTHOGONAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v4q.cif.gz | 6.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v4q.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v4q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/4v4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/4v4q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 6分子 AACABADABBDB
#1: RNA鎖 | 分子量: 499690.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 33357879 #22: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 33357928 #23: RNA鎖 | 分子量: 941612.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 33357927 |
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-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 ACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCPAQCQ...
#2: タンパク質 | 分子量: 25900.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V3 #3: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V8 #4: タンパク質 | 分子量: 17498.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W1 #5: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02358 #6: タンパク質 | 分子量: 19923.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02359 #7: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W7 #8: タンパク質 | 分子量: 14755.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7X3 #9: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R5 #10: タンパク質 | 分子量: 13739.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R9 #11: タンパク質 | 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S3 #12: タンパク質 | 分子量: 12997.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S9 #13: タンパク質 | 分子量: 11475.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02370, UniProt: P0AG59*PLUS #14: タンパク質 | 分子量: 10319.882 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02371, UniProt: P0ADZ4*PLUS #15: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T3 #16: タンパク質 | 分子量: 9593.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02373, UniProt: P0AG63*PLUS #17: タンパク質 | 分子量: 8874.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T7 #18: タンパク質 | 分子量: 10324.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U3 #19: タンパク質 | 分子量: 9577.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U7 #20: タンパク質 | 分子量: 26650.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V0 #21: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68679 |
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+50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 BVDVBCDCBDDDBEDEBFDFBGDGBHDHBJDJBKDKBLDLBMDMBNDNBODOBPDPBQDQ...
-非ポリマー , 2種, 1970分子
#53: 化合物 | ChemComp-MG / #54: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 17 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.5 詳細: MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.46→70 Å / Num. obs: 693093 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 58.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.46→3.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 49172 / % possible all: 87.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entries 1PNS, 1PNU 解像度: 3.46→70 Å / Isotropic thermal model: Grouped by residue / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: torsional dynamics
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原子変位パラメータ | Biso mean: 58.688 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.46→70 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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