PDB-4v4k: Bacteriophage P22 Portal Protein bound to middle Tail Factor GP4....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v4k

タイトル

Bacteriophage P22 Portal Protein bound to middle Tail Factor GP4. This file contain the second biological assembly

要素

PACKAGED DNA STABILIZATION PROTEIN GP4
PORTAL PROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / PORTAL PROTEIN / DNA EJECTION /

MOLECULAR MOTOR (分子モーター) /

DNA PACKAGING (染色体) /

PODOVIRIDAE /

VIRUS ASSEMBLY (ウイルス) /

LATE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

viral DNA genome packaging, headful / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / viral portal complex / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / viral DNA genome packaging / virus tail /

virion assembly /

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

ENTEROBACTERIA PHAGE P22 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.251 Å

データ登録者

Olia, A.S. / Cingolani, G.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Three-dimensional structure of a viral genome-delivery portal vertex.
著者: Olia, A.S. / Prevelige, P.E. / Johnson, J.E. / Cingolani, G.

履歴

登録	2010年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2014年12月10日	ID: 3LJ4, 1VT0
改定 1.1	2014年12月10日	Group: Other
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.3	2021年10月6日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v4k.cif.gz	4.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v4k.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v4k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/4v4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/4v4k	HTTPS FTP

-
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リンク

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登録構造単位

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単位格子

Length a, b, c (Å)	170.172, 253.284, 282.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	... PORTAL PROTEIN / PROTEIN GP1 分子量: 70015.430 Da / 分子数: 24 / 断片: UNP RESIDUES 1-602 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE P22 (ファージ) 遺伝子: 1, GP1 / プラスミド: PET-22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26744
#2: タンパク質	... PACKAGED DNA STABILIZATION PROTEIN GP4 分子量: 18070.996 Da / 分子数: 24 / 断片: UNP RESIDUES 1-166 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE P22 (ファージ) 遺伝子: 4, GP4 / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26746
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.18 %
結晶化	pH: 6 詳細: 20% PEG 8000, 0.1M (NH4)2HPO4, 0.1M MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.987
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月1日
放射	モノクロメーター: ASYMMETRIC CUT SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.25→100 Å / Num. obs: 484105 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / R_sym value: 0.149 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 3.25→3.37 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_sym value: 0.573 / % possible all: 73.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
直接法		モデル構築
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.5_2)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

解像度: 3.251→19.991 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2365	2341	53 %
R_work	0.2223	-	-
obs	0.2224	441596	59.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.697 Å² / k_sol: 0.268 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.6698 Å²	0 Å²	2.4346 Å²
2-	-	0.0724 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-9.2017 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.251→19.991 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	67392	0	0	252	67644

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	137592
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.972	186744
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.546	84984
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	20208
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	24840

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
1	3	C	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
1	4	D	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	5	E	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	6	F	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
1	7	G	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
1	8	H	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
1	9	I	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	10	J	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
1	11	K	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	12	L	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
1	13	M	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
1	14	N	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	15	O	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	16	P	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	17	Q	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
1	18	R	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
1	19	S	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	20	T	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	21	U	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	22	V	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	23	W	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
1	24	X	4585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	1	Y	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	Z	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.02
2	3	A	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
2	4	B	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
2	5	C	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	6	D	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	7	E	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	8	F	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	9	G	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
2	10	H	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	11	I	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
2	12	J	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021
2	13	k	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	14	l	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	15	m	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	16	n	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
2	17	o	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
2	18	p	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	19	q	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	20	r	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
2	21	s	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
2	22	t	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
2	23	u	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
2	24	v	1052	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.251-3.3176	0.3744	50	0.3936	11304	X-RAY DIFFRACTION	26
3.3176-3.3894	0.3613	76	0.3661	15308	X-RAY DIFFRACTION	35
3.3894-3.4678	0.3578	89	0.3504	16873	X-RAY DIFFRACTION	39
3.4678-3.5541	0.2977	113	0.331	18513	X-RAY DIFFRACTION	43
3.5541-3.6496	0.358	99	0.306	20351	X-RAY DIFFRACTION	47
3.6496-3.7563	0.3295	105	0.2781	22650	X-RAY DIFFRACTION	52
3.7563-3.8767	0.2875	126	0.248	24014	X-RAY DIFFRACTION	55
3.8767-4.0142	0.294	129	0.2218	25116	X-RAY DIFFRACTION	58
4.0142-4.1735	0.2364	181	0.2074	26563	X-RAY DIFFRACTION	61
4.1735-4.3616	0.1823	180	0.1835	27908	X-RAY DIFFRACTION	64
4.3616-4.5889	0.1505	119	0.1663	29085	X-RAY DIFFRACTION	67
4.5889-4.8725	0.1851	155	0.1733	30086	X-RAY DIFFRACTION	69
4.8725-5.2425	0.2304	129	0.1943	31130	X-RAY DIFFRACTION	72
5.2425-5.7586	0.209	149	0.2045	33393	X-RAY DIFFRACTION	77
5.7586-6.5659	0.2586	260	0.2114	35321	X-RAY DIFFRACTION	82
6.5659-8.177	0.2012	232	0.2083	35878	X-RAY DIFFRACTION	83
8.177-19.991	0.2094	149	0.216	35762	X-RAY DIFFRACTION	83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0071	-0.0049	-0.0234	-0.0116	0.0293	-0.036	0.0526	-0.0228	-0.0519	0.189	-0.053	0.083	0.0492	-0.0024	0	-0.2895	0.3181	-0.0983	-0.0744	0.1314	0.0393	57.4481	-50.4482	130.0939
2	0.0246	0.0184	-0.0141	0.0549	-0.021	0.0153	-0.0331	0.0169	-0.1293	0.0564	-0.0247	0.1055	0.0558	-0.0095	0	0.0295	0.0759	0.0084	0.0578	0.0232	0.0771	34.6387	-54.8561	119.2555
3	-0.0284	0.0103	-0.0702	-0.0179	0.0675	-0.0474	-0.0427	-0.0984	-0.0834	0.0417	-0.0463	0.0648	-0.0206	-0.0256	-0	0.0677	-0.0014	0.0372	0.0433	-0.0275	0.0574	12.8447	-46.0138	108.9133
4	0.0603	0.0325	-0.0037	-0.0081	0.0141	-0.0066	-0.0349	0.0002	-0.0762	-0.1035	-0.0733	-0.1288	-0.02	0.126	0	-0.1431	0.1051	-0.1224	0.0519	-0.0152	-0.2461	-5.9346	-1.082	100.1329
5	-0.0066	0.0083	-0.0155	-0.0143	0.0278	-0.0011	-0.0276	-0.0929	-0.1474	0.0282	-0.036	0.1002	-0.0035	-0.0287	-0	-0.0052	0.0366	-0.0042	0.0095	-0.0695	-0.0201	-2.0689	-26.3661	101.9011
6	0.0071	0.04	0.0132	-0.0063	-0.0074	0.0089	-0.0432	-0.0193	0.023	-0.0668	-0.0119	-0.0775	-0.0326	0.0248	0	0.076	0.0207	-0.0397	0.0827	0.0039	-0.0834	2.1138	22.9917	103.9586
7	0.0019	-0.0479	-0.0048	-0.0207	0.0034	0.0107	0.0064	-0.0194	-0.0159	-0.0485	-0.0122	-0.0783	-0.0225	0.0267	0	0.1453	0.027	0.0176	0.0745	0.0274	0.0513	19.9691	39.3001	112.4591
8	0.0046	-0.0013	-0.03	0.0061	-0.0136	0.0079	-0.0014	-0.0358	0.1122	-0.0478	0.0479	-0.2162	-0.0263	0.0991	-0	0.0609	-0.0681	0.0649	0.0007	0.0933	-0.0185	42.8189	43.6147	123.3638
9	0.044	-0.0276	-0.0114	0.0121	0.0163	-0.0052	-0.0386	-0.0598	0.0845	-0.0262	0.0381	-0.1952	0.0513	0.109	0	-0.0371	-0.1531	0.0637	0.0019	0.0103	0.13	64.5075	34.6715	133.7274
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11	0.0196	-0.0342	0.0217	0.0546	0.0396	0.0302	-0.0355	-0.0614	0.0036	0.0648	0.0811	-0.2247	0.0179	0.0585	0	-0.1795	0.0291	-0.0582	0.1762	0.009	0.1026	83.3745	-10.1701	142.6925
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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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