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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v3x | ||||||
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タイトル | Structure of rat neuronal nitric oxide synthase heme domain in complex with N-2-(2-(1H-imidazol-1-yl)pyrimidin-4-yl)ethyl-3-(3- fluorophenyl)propan-1-amine | ||||||
要素 | NITRIC OXIDE SYNTHASE, BRAIN一酸化窒素合成酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NITRIC OXIDE SYNTHASE (一酸化窒素合成酵素) / INHIBITOR COMPLEX (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / アズール顆粒 / negative regulation of vasoconstriction / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / Ion homeostasis ...positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / アズール顆粒 / negative regulation of vasoconstriction / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / Ion homeostasis / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / response to nitric oxide / postsynaptic specialization, intracellular component / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / behavioral response to cocaine / postsynaptic density, intracellular component / cadmium ion binding / positive regulation of the force of heart contraction / negative regulation of potassium ion transport / ヘルト萼状シナプス / negative regulation of calcium ion transport / multicellular organismal response to stress / negative regulation of serotonin uptake / sodium channel regulator activity / regulation of neurogenesis / striated muscle contraction / negative regulation of insulin secretion / regulation of postsynaptic membrane potential / response to vitamin E / nitric-oxide synthase (NADPH) / xenobiotic catabolic process / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / NADPH binding / regulation of sodium ion transport / response to organonitrogen compound / 横行小管 / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to epinephrine stimulus / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / photoreceptor inner segment / negative regulation of blood pressure / nitric oxide biosynthetic process / response to hormone / response to nutrient levels / response to activity / response to nicotine / muscle contraction / 筋小胞体 / establishment of localization in cell / 分泌 / positive regulation of long-term synaptic potentiation / female pregnancy / cell periphery / phosphoprotein binding / response to lead ion / 筋鞘 / establishment of protein localization / potassium ion transport / response to organic cyclic compound / response to peptide hormone / Z disc / vasodilation / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to mechanical stimulus / response to estrogen / calcium-dependent protein binding / calcium ion transport / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / NADP binding / ATPase binding / response to heat / scaffold protein binding / response to ethanol / 核膜 / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / response to lipopolysaccharide / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / response to hypoxia / 細胞骨格 / calmodulin binding / 脂質ラフト / negative regulation of cell population proliferation / 樹状突起 / glutamatergic synapse / シナプス / heme binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015 タイトル: Novel 2,4-Disubstituted Pyrimidines as Potent, Selective, and Cell-Permeable Inhibitors of Neuronal Nitric Oxide Synthase. 著者: Mukherjee, P. / Li, H. / Sevrioukova, I. / Chreifi, G. / Martasek, P. / Roman, L.J. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v3x.cif.gz | 355.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v3x.ent.gz | 300.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4v3x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/4v3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/4v3x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4d2yC 4d2zC 4d30C 4d31C 4d32C 4d33C 4d34C 4d35C 4d36C 4d37C 4d38C 4d39C 4d3aC 4d3bC 4uchC 4v3uC 4v3vC 4v3wC 4v3yC 4v3zC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48812.527 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN, UNP RESIDUES 297-718 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29476, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 6種, 227分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ZN / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 % 解説: RMERGE GREATER THAN 1.00 RPIM 0.833 CC ONE HALF 0. 780 |
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結晶化 | pH: 5.8 詳細: 20-24% PEG3350 0.1M MES 10% ETHYLENE GLYCOL 140-200 MM AMMONIUM ACETATE 5 MM GSH 35UM SDS, pH 5.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.127 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月11日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.127 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 65130 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 41.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.03 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 1.99→92.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 14.33 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED RESIDUES 339 TO 349 IN CHAIN A AND 339 TO 347 IN CHAIN B ARE DISORDERED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.072 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→92.12 Å
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拘束条件 |
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