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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v3f | ||||||
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タイトル | Crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase from spinach showing a thiohemiacetal with betaine aldehyde | ||||||
要素 | (BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE, ...) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE / ALDH10. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4-トリメチルアンモニオブチルアルデヒドデヒドロゲナーゼ / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase activity / アミノブチルアルデヒドデヒドロゲナーゼ / ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ / betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / cellular aldehyde metabolic process / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / cellular detoxification of aldehyde ...4-トリメチルアンモニオブチルアルデヒドデヒドロゲナーゼ / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase activity / アミノブチルアルデヒドデヒドロゲナーゼ / ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ / betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / cellular aldehyde metabolic process / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / cellular detoxification of aldehyde / potassium ion binding / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å | ||||||
データ登録者 | Zarate-Romero, A. / Munoz-Clares, R.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016 タイトル: Reversible, Partial Inactivation of Plant Betaine Aldehyde Dehydrogenase by Betaine Aldehyde: Mechanism and Possible Physiological Implications. 著者: Zarate-Romero, A. / Murillo-Melo, D.S. / Mujica-Jimenez, C. / Montiel, C. / Munoz-Clares, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v3f.cif.gz | 783.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v3f.ent.gz | 653.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4v3f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/4v3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/4v3f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE, ... , 2種, 4分子 ABDC
#1: タンパク質 | 分子量: 54343.027 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P17202, ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ #2: タンパク質 | | 分子量: 54359.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P17202, ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ |
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-非ポリマー , 6種, 685分子
#3: 化合物 | ChemComp-IOD / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-ETX / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.2 詳細: AMMONIUM IODIDE 0.2 M, POLY ETHYLENE GLYCOL 3350 20% (W/V), PH 6.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月13日 |
放射 | モノクロメーター: SI (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→29 Å / Num. obs: 122131 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 88 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4A0M 解像度: 1.998→28.968 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.07 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.998→28.968 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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