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- PDB-4uy8: Molecular basis for the ribosome functioning as a L-tryptophan se... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uy8
タイトルMolecular basis for the ribosome functioning as a L-tryptophan sensor - Cryo-EM structure of a TnaC stalled E.coli ribosome
要素
  • (50S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 29
  • RIBOSOMAL L7 PROTEIN
  • RIBOSOMAL PROTEIN L9
  • RNAリボ核酸
  • RRNA-23S RIBOSOMAL RNA
  • RRNA-5S RIBOSOMAL RNA
  • TRYPTOPHANASEトリプトファナーゼ
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / TNAC / TRANSLATION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tryptophan metabolic process / transcriptional attenuation by ribosome / t-UTP complex / rDNA heterochromatin / tryptophan catabolic process / rRNA methylation / stringent response / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / transcriptional attenuation ...positive regulation of tryptophan metabolic process / transcriptional attenuation by ribosome / t-UTP complex / rDNA heterochromatin / tryptophan catabolic process / rRNA methylation / stringent response / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / : / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / small-subunit processome / response to reactive oxygen species / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / 核小体 / protein homodimerization activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tryptophanese operon leader peptide / Tryptophanase operon leader peptide / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L33 / Ribosomal Protein L9; domain 1 / Helix Hairpins - #3980 ...Tryptophanese operon leader peptide / Tryptophanase operon leader peptide / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L33 / Ribosomal Protein L9; domain 1 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L25; Chain P / Small-subunit processome, Utp12 / Dip2/Utp12 Family / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal Protein L25; Chain P / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal Protein L22; Chain A / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Rubrerythrin, domain 2 / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Single Sheet / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36
類似検索 - ドメイン・相同性
トリプトファン / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / Large ribosomal subunit protein bL28 ...トリプトファン / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L3 / 50S ribosomal protein L29 / 50S ribosomal protein L16 / : / 50S ribosomal protein L10 / 50S ribosomal protein L22 / : / 50S ribosomal protein L25 / : / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL12 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Tryptophanase operon leader peptide / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25 / : / : / L8 / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / :
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Bischoff, L. / Berninghausen, O. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Molecular basis for the ribosome functioning as an L-tryptophan sensor.
著者: Lukas Bischoff / Otto Berninghausen / Roland Beckmann /
要旨: Elevated levels of the free amino acid L-tryptophan (L-Trp) trigger expression of the tryptophanase tnaCAB operon in E. coli. Activation depends on tryptophan-dependent ribosomal stalling during ...Elevated levels of the free amino acid L-tryptophan (L-Trp) trigger expression of the tryptophanase tnaCAB operon in E. coli. Activation depends on tryptophan-dependent ribosomal stalling during translation of the upstream TnaC peptide. Here, we present a cryoelectron microscopy (cryo-EM) reconstruction at 3.8 Å resolution of a ribosome stalled by the TnaC peptide. Unexpectedly, we observe two L-Trp molecules in the ribosomal exit tunnel coordinated within composite hydrophobic pockets formed by the nascent TnaC peptide and the tunnel wall. As a result, the peptidyl transferase center (PTC) adopts a distinct conformation that precludes productive accommodation of release factor 2 (RF2), thereby inducing translational stalling. Collectively, our results demonstrate how the translating ribosome can act as a small molecule sensor for gene regulation.
履歴
登録2014年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: em_image_scans / entity / entity_src_nat / Item: _entity.src_method / _entity_src_nat.strain
改定 1.32018年10月3日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength ...diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / em_software / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / struct_conn
Item: _em_software.image_processing_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2773
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
5: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10
6: RIBOSOMAL L7 PROTEIN
7: TRYPTOPHANASE
8: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
A: RRNA-23S RIBOSOMAL RNA
B: RRNA-5S RIBOSOMAL RNA
C: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
D: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
E: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
F: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
G: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
H: RIBOSOMAL PROTEIN L9
I: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
J: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
K: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
L: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
M: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
N: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
O: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
P: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
Q: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
R: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
S: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
T: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
U: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
V: RNA
W: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
X: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28
Y: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
Z: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,376,256181
ポリマ－1,372,30635
非ポリマー3,949146
水7,909439
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 29種, 29分子 0123458CDEFGIJKLMNOPQRSTUWXYZ

#1: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32 /


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: U5SG25, UniProt: P0A7N4*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33 /


分子量: 5814.842 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 4-53 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: U5SML7, UniProt: P0A7N9*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34 /


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: P0A7P5
#4: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35 /


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: W0KX84, UniProt: P0A7Q1*PLUS
#5: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36 /


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: X7QRM8, UniProt: P0A7Q6*PLUS
#6: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10 /


分子量: 15981.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: E1IXH4, UniProt: P0A7J3*PLUS
#9: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25 /


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: E3PCX7, UniProt: P68919*PLUS
#12: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2 /


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: X7QS81, UniProt: P60422*PLUS
#13: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3 /


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: D6IEL8, UniProt: P60438*PLUS
#14: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4 /


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: X7QRP4, UniProt: P60723*PLUS
#15: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5 /


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: X7QU92, UniProt: P62399*PLUS
#16: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6 /


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: X7QBP9, UniProt: P0AG55*PLUS
#18: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11 /


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: E7HV64, UniProt: P0A7J7*PLUS
#19: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13 /


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: X7QR95, UniProt: P0AA10*PLUS
#20: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14 /


分子量: 13451.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: E1PGS6, UniProt: P0ADY3*PLUS
#21: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15 /


分子量: 14877.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: P02413
#22: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16 /


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: D7XL00, UniProt: P0ADY7*PLUS
#23: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17 /


分子量: 13721.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: X7QRM3, UniProt: P0AG44*PLUS
#24: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18 /


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: X7QRN2, UniProt: P0C018*PLUS
#25: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19 /


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: X7R0V6, UniProt: P0A7K6*PLUS
#26: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20 /


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: X7QXR5, UniProt: P0A7L3*PLUS
#27: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21 /


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: W0L2B9, UniProt: P0AG48*PLUS
#28: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22 /


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: E1JB10, UniProt: P61175*PLUS
#29: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23 /


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: C6EGE8, UniProt: P0ADZ0*PLUS
#30: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24 /


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: W0L2N0, UniProt: P60624*PLUS
#32: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27 /


分子量: 8476.680 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 7-85 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: W0KYJ4, UniProt: P0A7L8*PLUS
#33: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28 /


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: C3SME2, UniProt: P0A7M2*PLUS
#34: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29 /


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: D7X2Z3, UniProt: P0A7M6*PLUS
#35: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30 /


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: W0L301, UniProt: P0AG51*PLUS

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タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 67H

#7: タンパク質・ペプチド RIBOSOMAL L7 PROTEIN


分子量: 3300.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: V5UZV4, UniProt: P0A7K2*PLUS
#8: タンパク質・ペプチド TRYPTOPHANASE / トリプトファナーゼ


分子量: 2427.801 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 5-24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: A4GWE7, UniProt: P0AD89*PLUS
#17: タンパク質・ペプチド RIBOSOMAL PROTEIN L9 /


分子量: 5467.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: UniProt: D8BKG3, UniProt: P0A7R1*PLUS

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RNA鎖 , 3種, 3分子 ABV

#10: RNA鎖 RRNA-23S RIBOSOMAL RNA


分子量: 925492.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: GenBank: 64682453
#11: RNA鎖 RRNA-5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 38177.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: GenBank: 64693170
#31: RNA鎖 RNA / リボ核酸


分子量: 24890.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: KC6 / 参照: GenBank: 66001753

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非ポリマー , 4種, 585分子

#36: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#37: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#38: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#39: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TNAC STALLED E.COLI RIBOSOME / タイプ: RIBOSOME
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 --CRYOGEN- ETHANE,INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年1月27日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: SPIDER / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: MICROGRAPH
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 粒子像の数: 72468
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2773. (DEPOSITION ID: 12802).
対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26922 65452 174 439 92987

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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