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- PDB-4uy4: 1.86 A structure of human Spindlin-4 protein in complex with hist... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uy4
タイトル1.86 A structure of human Spindlin-4 protein in complex with histone H3K4me3 peptide
要素
  • HISTONE H3K4ME3
  • SPINDLIN-4
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / SPINDLIN MEMBER 4 / SPIN4 / TUDOR DOMAIN / EPIGENETIC (エピジェネティクス) / CYSTICERCOSIS / MENINGOENCEPHALITIS
機能・相同性
機能・相同性情報


gamete generation / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / methylated histone binding / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes ...gamete generation / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / methylated histone binding / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / 遺伝子発現 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Spindlin-4 / Spindlin/Ssty / Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 ...Spindlin-4 / Spindlin/Ssty / Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ヒストンH3 / Spindlin-4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.862 Å
データ登録者Talon, R. / Gileadi, C. / Johansson, C. / Burgess-Brown, N. / Shrestha, L. / von Delft, F. / Krojer, T. / Fairhead, M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. ...Talon, R. / Gileadi, C. / Johansson, C. / Burgess-Brown, N. / Shrestha, L. / von Delft, F. / Krojer, T. / Fairhead, M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.86 A Structure of Human Spindlin-4 Protein in Complex with Histone H3K4Me3 Peptide
著者: Talon, R. / Gileadi, C. / Johansson, C. / Burgess-Brown, N. / Shrestha, L. / Fairhead, M. / von Delft, F. / Krojer, T. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Oppermann, U.
履歴
登録2014年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPINDLIN-4
B: SPINDLIN-4
C: HISTONE H3K4ME3
D: HISTONE H3K4ME3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3535
ポリマ－51,2604
非ポリマー921
水3,531196
1
B: SPINDLIN-4
D: HISTONE H3K4ME3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6302
ポリマ－25,6302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-3.7 kcal/mol
Surface area11990 Å2
手法PISA
2
A: SPINDLIN-4
C: HISTONE H3K4ME3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7223
ポリマ－25,6302
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-3.9 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.072, 51.690, 57.141
Angle α, β, γ (deg.)81.25, 89.89, 88.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (1, 0.0003, -0.0036), (0.0002, -1, -0.0044), (-0.0036, 0.0044, -1)
ベクター: 17.7773, 28.545, 21.1581)

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要素

#1: タンパク質 SPINDLIN-4


分子量: 24882.346 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 36-249 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HISTIDINE TAG CLEAVED, THE NUMBERING START AT THR36 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q56A73
#2: タンパク質・ペプチド HISTONE H3K4ME3


分子量: 747.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE MODEL CONTAINS RESIDUE T36 TO V236

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 7 / 詳細: 33% PEG3350, 0.1M HEPES PH 7.0, SEEDING, 20C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.21
反射解像度: 1.86→28.68 Å / Num. obs: 35908 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 29.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.86→5.89 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MZF LONGEST CHAIN POLY ALA CONVERTED

4mzf


解像度: 1.862→28.683 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.75 / 位相誤差: 29.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 1803 5 %
Rwork0.2016 --
obs0.2033 35879 97.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.862→28.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3345 0 6 196 3547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.034811
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2121282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005608
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.862-1.91230.43431290.34262313X-RAY DIFFRACTION87
1.9123-1.96860.37471330.29312644X-RAY DIFFRACTION97
1.9686-2.03210.2981380.25992579X-RAY DIFFRACTION97
2.0321-2.10470.25141430.23922615X-RAY DIFFRACTION97
2.1047-2.1890.27891390.24362638X-RAY DIFFRACTION97
2.189-2.28860.30031360.23082662X-RAY DIFFRACTION98
2.2886-2.40920.25991400.23052614X-RAY DIFFRACTION98
2.4092-2.560.23441360.23052669X-RAY DIFFRACTION98
2.56-2.75750.26381470.23092644X-RAY DIFFRACTION98
2.7575-3.03470.22761370.21292681X-RAY DIFFRACTION98
3.0347-3.47320.21011430.19052648X-RAY DIFFRACTION99
3.4732-4.37340.20081450.16442690X-RAY DIFFRACTION99
4.3734-28.68680.20461370.16562679X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.05680.786-2.80283.172-2.00568.57170.2128-0.85790.63130.1831-0.44080.9299-1.62390.5977-0.74510.20470.07850.13161.0618-0.41410.485336.08493.527146.7228
23.3268-0.1630.28872.87220.66653.1297-0.56040.13691.2173-1.4698-0.18630.3456-2.02480.7288-0.52231.1820.3408-0.3025-0.1506-0.15290.784550.323613.552732.3149
34.805-0.062-0.23295.33321.33384.6874-0.1685-0.47370.8515-0.4615-0.33670.243-1.24-0.58810.31340.49790.1358-0.12320.3252-0.12970.381643.70396.024234.7757
46.08950.52891.61273.56131.22834.1798-0.3120.83910.3964-1.0586-0.2220.3892-1.0796-0.84370.28030.59330.1392-0.14450.6127-0.01450.291636.5531-2.106614.9195
54.2737-4.775-4.07817.35613.81062.0204-0.4664-1.4207-1.48240.48630.17850.72371.68291.0580.90190.43310.01940.05630.74530.10860.560449.0768-19.952628.6799
66.9471-0.6589-1.24083.37091.05876.2118-0.03560.1408-0.2184-0.06060.1732-0.20930.10030.3142-0.03070.13650.00340.02180.2552-0.03540.182549.8347-10.212628.1681
77.59021.8033.51165.77680.10921.69460.22861.1698-0.2708-0.3092-0.1515-0.01511.27740.1813-0.01110.29380.0742-0.02390.476-0.09640.32318.364125.1227-25.4681
84.7681-4.0868-1.04285.509-1.38653.2753-0.0204-0.0946-0.81051.16440.1999-0.68752.42070.0472-0.10491.24980.3331-0.31730.2724-0.17620.600132.859914.7213-11.3444
94.9355-2.04910.66176.46221.26625.51460.07480.2231-0.62540.6309-0.1128-0.05781.3641-0.05160.0490.50990.0261-0.04140.2628-0.07080.272325.777722.7732-13.6014
105.5981-0.0413-0.8634.39971.35445.32330.0999-0.8136-0.2871.2345-0.29690.21071.3628-0.87410.15640.6838-0.17520.06240.5842-0.00240.218619.187930.04726.5429
113.22932.6701-1.30452.927-1.30494.4973-0.16160.38191.8248-0.19510.59821.3027-2.1741.050.08660.5824-0.125-0.06460.50380.09470.784830.150348.6377-7.6146
127.76721.28451.63241.652-0.36734.7060.1664-0.18580.16330.05330.1559-0.25840.08910.8539-0.17480.17950.0418-0.00250.437-0.0990.242632.038238.9553-6.9858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:9)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 10:26)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 27:74)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 75:154)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 155:167)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 168:215)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 1:9)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 10:26)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 27:74)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 75:154)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 155:167)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 168:215)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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