+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4upe | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the unready Ni-A state of the S499C mutant of D. fructosovorans NiFe-hydrogenase | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NIFE-SITE / NI-A STATE / SULFENATE (スルフェン酸) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 シトクロムc3ヒドロゲナーゼ / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ペリプラズム / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Volbeda, A. / Martin, L. / Barbier, E. / Gutierrez-Sanz, O. / DeLacey, A.L. / Liebgott, P.P. / Dementin, S. / Rousset, M. / Fontecilla-Camps, J.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Inorg. Chem. / 年: 2015 タイトル: Crystallographic studies of [NiFe]-hydrogenase mutants: towards consensus structures for the elusive unready oxidized states. 著者: Volbeda, A. / Martin, L. / Barbier, E. / Gutierrez-Sanz, O. / De Lacey, A.L. / Liebgott, P.P. / Dementin, S. / Rousset, M. / Fontecilla-Camps, J.C. #1: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2005 タイトル: Structural Differences between the Ready and Unready Oxidized States of [Nife] Hydrogenases. 著者: Volbeda, A. / Martin, L. / Cavazza, C. / Matho, M. / Faber, B.W. / Roseboom, W. / Albracht, S.P.J. / Garcin, E. / Rousset, M. / Fontecilla-Camps, J.C. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4upe.cif.gz | 987.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4upe.ent.gz | 818.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4upe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/4upe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/4upe | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ABCQRS
#1: タンパク質 | 分子量: 28418.389 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 53-314 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア) 発現宿主: DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア) 参照: UniProt: P18187, シトクロムc3ヒドロゲナーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 59673.195 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 5-549 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア) 発現宿主: DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア) 参照: UniProt: P18188, シトクロムc3ヒドロゲナーゼ |
---|
-非ポリマー , 9種, 2061分子
#3: 化合物 | ChemComp-SF4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CA / #8: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-MES / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
配列の詳細 | SEQUENCE: S499C MUTATION IN LARGE SUBUNIT ACTIVE SITE DETAILS: IN THE UNREADY NI-A STATE NI(III) IS ...SEQUENCE: S499C MUTATION IN LARGE SUBUNIT ACTIVE SITE DETAILS: IN THE UNREADY NI-A STATE NI(III) IS BOUND TO CYS72-SG, CSX75-OD (SULFENATE), CYS543-SG, O2001 AND CYS546-SG IN A DISTORTED SQUARE PYRAMIDAL COORDINATI |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: VAPOR DIFFUSION, UNDER AIR, 298 K, PEG 6000, MES, TRIS/HCL, PH 6.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→29.83 Å / Num. obs: 209473 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.21 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 6.14 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.92 Å / 冗長度: 3.11 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / % possible all: 82.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1YQW 解像度: 1.8→29.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.639 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.994 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.83 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|