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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uj4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Rab11-Rabin8-FIP3 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / CILIARY TARGETING COMPLEX / CILIUM (繊毛) / VESICULAR TRANSPORT / MEMBRANE TRAFFICKING / RABIN8 / RAB11 / FIP3 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 postsynaptic recycling endosome membrane / Golgi to plasma membrane transport vesicle / ciliary basal body-plasma membrane docking / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / regulation of endocytic recycling / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / protein localization to organelle ...postsynaptic recycling endosome membrane / Golgi to plasma membrane transport vesicle / ciliary basal body-plasma membrane docking / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / regulation of endocytic recycling / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / protein localization to organelle / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization / negative regulation of filopodium assembly / negative regulation of adiponectin secretion / regulation of cilium assembly / exosomal secretion / amyloid-beta clearance by transcytosis / melanosome transport / astral microtubule organization / proximal dendrite / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / regulation of vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane transport / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / protein localization to cilium / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / multivesicular body assembly / endocytic recycling / dynein light intermediate chain binding / establishment of protein localization to membrane / protein localization to cell surface / TBC/RABGAPs / protein targeting to membrane / syntaxin binding / mitotic metaphase chromosome alignment / 細胞結合 / positive regulation of epithelial cell migration / エキソサイトーシス / 分裂溝 / mitotic spindle assembly / cilium assembly / endocytic vesicle / centriolar satellite / phagocytic vesicle / vesicle-mediated transport / 小胞 / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / 中心小体 / エンドソーム / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / trans-Golgi network membrane / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / protein localization to plasma membrane / ゴルジ体 / cytoplasmic vesicle membrane / recycling endosome / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / small GTPase binding / 紡錘体 / recycling endosome membrane / neuron projection development / endocytic vesicle membrane / GTPase binding / lamellipodium / midbody / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / molecular adaptor activity / エンドソーム / 細胞周期 / 細胞分裂 / ゴルジ体 / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / calcium ion binding / protein-containing complex binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
データ登録者 | Vetter, M. / Lorentzen, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2015 タイトル: Structure of Rab11-FIP3-Rabin8 reveals simultaneous binding of FIP3 and Rabin8 effectors to Rab11. 著者: Vetter, M. / Stehle, R. / Basquin, C. / Lorentzen, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4uj4.cif.gz | 609.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4uj4.ent.gz | 504.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4uj4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/4uj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/4uj4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20958.578 Da / 分子数: 4 / 断片: GTPASE DOMAIN, RESIDUES 4-186 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11A, RAB11 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62491 #2: タンパク質 | 分子量: 22217.479 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 286-476 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB3IP, RABIN8 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96QF0 #3: タンパク質 | 分子量: 7269.180 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 695-756 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11FIP3, ARFO1, KIAA0665 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75154 #4: 化合物 | ChemComp-GNP / #5: 化合物 | ChemComp-MG / 配列の詳細 | Q70L POINT MUTATION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.8 詳細: 50MM MES PH 5.8, 0.2M AMMONIUM SULFATE AND 14% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.2→50 Å / Num. obs: 15003 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 149.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 4.2→4.4 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 61 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4UJ3 解像度: 4.2→49.469 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.2→49.469 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 20.7022 Å / Origin y: -25.0956 Å / Origin z: -39.0344 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |