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- PDB-4tqd: Crystal Structure of the C-terminal domain of IFRS bound with 3-i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tqd
タイトルCrystal Structure of the C-terminal domain of IFRS bound with 3-iodo-L-Phe and ATP
要素Pyrrolysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Amino Acyl-tRNA Synthetases / Archaeal Proteins (古細菌) / Evolution (進化) / Molecular (分子) / Genetic Code (遺伝情報) / Substrate Specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrrolysine-tRNAPyl ligase / pyrrolysyl-tRNA synthetase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Pyrrolysyl-tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA ligase, N-terminal / Helix hairpin bin / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. ...Pyrrolysyl-tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA ligase, N-terminal / Helix hairpin bin / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-iodo-L-phenylalanine / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Pyrrolysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (メタノサルキナ属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1429 Å
データ登録者Nakamura, A. / O'Donoghue, P. / Soll, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Polyspecific pyrrolysyl-tRNA synthetases from directed evolution.
著者: Guo, L.T. / Wang, Y.S. / Nakamura, A. / Eiler, D. / Kavran, J.M. / Wong, M. / Kiessling, L.L. / Steitz, T.A. / O'Donoghue, P. / Soll, D.
履歴
登録2014年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22014年12月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrrolysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,70513
ポリマ－33,3991
非ポリマー1,30612
水2,126118
1
A: Pyrrolysine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Pyrrolysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,41026
ポリマ－66,7982
非ポリマー2,61124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area9830 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area22620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.700, 104.700, 70.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pyrrolysine--tRNA ligase / Pyrrolysine--tRNA(Pyl) ligase / Pyrrolysyl-tRNA synthetase / PylRS


分子量: 33399.219 Da / 分子数: 1 / 変異: N346S, C348I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (メタノサルキナ属)
株: ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88
遺伝子: pylS, MM_1445 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 Codon Plus RIL (DE3) / 参照: UniProt: Q8PWY1, pyrrolysine-tRNAPyl ligase

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非ポリマー , 5種, 130分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-33S / 3-iodo-L-phenylalanine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 291.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10INO2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Hepes, MgCl2, PEG3350 / PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→42.064 Å / Num. obs: 24274 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 34.24

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZIM

2zim


解像度: 2.1429→42.064 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 19.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1925 2433 10.02 %
Rwork0.1551 --
obs0.1589 24270 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1429→42.064 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2100 0 75 118 2293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.453029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.011894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1429-2.18660.23081370.18371222X-RAY DIFFRACTION97
2.1866-2.23420.25711260.1781309X-RAY DIFFRACTION100
2.2342-2.28610.21411340.17991286X-RAY DIFFRACTION100
2.2861-2.34330.24481400.16691291X-RAY DIFFRACTION100
2.3433-2.40660.20781300.16021265X-RAY DIFFRACTION100
2.4066-2.47740.22051460.16841289X-RAY DIFFRACTION100
2.4774-2.55740.23811400.17331284X-RAY DIFFRACTION100
2.5574-2.64880.20591400.16351271X-RAY DIFFRACTION100
2.6488-2.75480.21571400.16911302X-RAY DIFFRACTION100
2.7548-2.88020.2181590.16591264X-RAY DIFFRACTION100
2.8802-3.0320.21251410.17041290X-RAY DIFFRACTION100
3.032-3.22190.22031420.17221275X-RAY DIFFRACTION100
3.2219-3.47050.23671610.17051279X-RAY DIFFRACTION100
3.4705-3.81960.20031370.15571307X-RAY DIFFRACTION100
3.8196-4.37180.14521560.13291283X-RAY DIFFRACTION100
4.3718-5.5060.16671500.12791302X-RAY DIFFRACTION100
5.506-42.07170.15091540.14981318X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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