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- PDB-4tmb: CRYSTAL STRUCTURE of OLD YELLOW ENZYME from CANDIDA MACEDONIENSIS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tmb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE of OLD YELLOW ENZYME from CANDIDA MACEDONIENSIS AKU4588
要素Old yellow enzymeNADPHデヒドロゲナーゼ
キーワードFLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / TIM BARREL MOTIF / DEHYDROGENASE (脱水素酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンモノヌクレオチド / NADPHデヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces marxianus (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Horita, S. / Kataoka, M. / Kitamura, N. / Nakagawa, T. / Miyakawa, T. / Ohtsuka, J. / Nagata, K. / Shimizu, S. / Tanokura, M.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
the Ministry of Education, Culture, Sports, Science, and Technology of Japan 日本
National Project on Protein Structural and Functional Analyses 日本
the Targeted Proteins Research Program, the Platform for Drug Discovery, Informatics, and Structural Life Sciences 日本
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: An Engineered Old Yellow Enzyme that Enables Efficient Synthesis of (4R,6R)-Actinol in a One-Pot Reduction System
著者: Horita, S. / Kataoka, M. / Kitamura, N. / Nakagawa, T. / Miyakawa, T. / Ohtsuka, J. / Nagata, K. / Shimizu, S. / Tanokura, M.
履歴
登録2014年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Old yellow enzyme
B: Old yellow enzyme
C: Old yellow enzyme
D: Old yellow enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,6168
ポリマ－183,7914
非ポリマー1,8254
水16,880937
1
A: Old yellow enzyme
B: Old yellow enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8084
ポリマ－91,8952
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area28860 Å2
手法PISA
2
C: Old yellow enzyme
D: Old yellow enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8084
ポリマ－91,8952
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area28530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)287.510, 59.620, 100.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Old yellow enzyme / NADPHデヒドロゲナーゼ


分子量: 45947.645 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces marxianus (酵母) / 株: AKU4588 / 遺伝子: oye / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6I7B7
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 937 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25%(V/V) PEG3350, 100MM TRIS-HCL, 200MM AMMONIUM SULFATE, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K
PH範囲: 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 148617 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 21.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASERモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OYA

1oya


解像度: 1.8→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.713 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 7364 5 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.173 146754 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.03 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12235 0 124 937 13296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0212677
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9531.96917207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.947327183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.37451521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.44224.194620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.962152094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5391581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.21781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02114413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 550 -
Rwork0.193 10074 -
obs--98.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2907-0.1403-0.32860.23110.09410.482-0.00940.0379-0.00590.0296-0.01940.0170.0096-0.04780.02880.0208-0.01620.01590.0806-0.02030.018763.224748.5324-19.2629
20.31060.06690.07310.1899-0.00340.40780.01150.0385-0.0110.0311-0.0252-0.03650.0539-0.03450.01370.0513-0.00770.01290.01710.00450.0175101.625730.129-30.164
31.38370.46130.4840.43010.14270.5563-0.03590.3422-0.0267-0.00020.12560.0026-0.06270.2029-0.08960.0197-0.02710.01430.1101-0.0210.0317138.589244.3931-36.5556
40.3801-0.30490.2050.7093-0.34530.3601-0.0078-0.0566-0.0884-0.05740.06680.0457-0.004-0.0309-0.0590.02630.0050.00040.01580.01390.0591170.64959.121-8.356
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 392
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 392
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 392
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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