PDB-4tlb: Crystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tlb

タイトル

Crystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC

要素

Circadian clock protein kinase KaiC

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity /

加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 /

概日リズム /

non-specific serine/threonine protein kinase /

リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.983 Å

データ登録者

Abe, J. / Hiyama, T.B. / Mukaiyama, A. / Son, S. / Akiyama, S.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Circadian rhythms. Atomic-scale origins of slowness in the cyanobacterial circadian clock.
著者: Abe, J. / Hiyama, T.B. / Mukaiyama, A. / Son, S. / Mori, T. / Saito, S. / Osako, M. / Wolanin, J. / Yamashita, E. / Kondo, T. / Akiyama, S.

履歴

登録	2014年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Database references
改定 1.2	2020年1月29日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tlb.cif.gz	594.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tlb.ent.gz	489.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tlb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/4tlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/4tlb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tl6C 4tl7C 4tl8C 4tl9C 4tlaC 4tlcC 4tldC 4tleC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tl6-1 4tlc-d 4tla-d 4tl9-d 4tl8-d 4tld-d 4tle-d 5yz8-d 4tl7-d 3fok-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (7) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Circadian clock protein kinase KaiC

B: Circadian clock protein kinase KaiC

C: Circadian clock protein kinase KaiC

D: Circadian clock protein kinase KaiC

E: Circadian clock protein kinase KaiC

F: Circadian clock protein kinase KaiC

ヘテロ分子

174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.060, 133.562, 150.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Circadian clock protein kinase KaiC / 分子量: 28389.244 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 1-253 / 変異: S146P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア) 株: PCC 7942 / 遺伝子: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 965 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 400 or PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.983→30 Å / Num. obs: 112197 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 23.7 % / Net I/σ(I): 69

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.983→29.426 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1989	5611	5.01 %
R_work	0.1627	-	-
obs	0.1645	112072	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.983→29.426 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10712	0	198	965	11875

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11322
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.156	15386
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.427	4276
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1764
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1946

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9829-2.0054	0.2368	180	0.1836	3457	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0054-2.029	0.2209	185	0.1718	3437	X-RAY DIFFRACTION	98
2.029-2.0538	0.2026	199	0.1682	3479	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0538-2.0798	0.1935	172	0.1676	3477	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0798-2.1071	0.2126	229	0.1662	3490	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1071-2.136	0.2286	165	0.1666	3468	X-RAY DIFFRACTION	99
2.136-2.1665	0.2166	184	0.1688	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1665-2.1988	0.2363	182	0.1705	3488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1988-2.2332	0.2302	200	0.1701	3534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2332-2.2698	0.2065	179	0.163	3502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2698-2.3089	0.2147	168	0.1648	3568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3089-2.3508	0.2125	196	0.1592	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3508-2.396	0.2046	195	0.1628	3529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.396-2.4449	0.191	188	0.1628	3532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4449-2.4981	0.2231	176	0.17	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4981-2.5561	0.2188	170	0.1685	3575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5561-2.62	0.201	173	0.1672	3557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.6908	0.2325	184	0.1659	3530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6908-2.7699	0.2057	175	0.1684	3577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7699-2.8593	0.1901	224	0.1774	3528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8593-2.9614	0.2421	180	0.1742	3564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9614-3.0798	0.183	185	0.1758	3556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0798-3.2198	0.1954	186	0.1704	3569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2198-3.3894	0.2042	187	0.1672	3581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3894-3.6014	0.2226	186	0.1659	3601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6014-3.8789	0.1819	179	0.1535	3603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8789-4.2681	0.1589	191	0.1373	3600	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2681-4.8833	0.1711	201	0.1263	3626	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8833-6.1433	0.1883	189	0.1657	3679	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1433-29.429	0.1743	203	0.1751	3761	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 24.9092 Å / Origin y: 15.7184 Å / Origin z: 17.1028 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1107 Å²	0.0187 Å²	-0.0155 Å²	-	0.1216 Å²	0.0266 Å²	-	-	0.0985 Å²
L	0.3983 °²	0.1187 °²	-0.2466 °²	-	0.2873 °²	-0.0458 °²	-	-	0.2934 °²
S	-0.0429 Å °	-0.0683 Å °	-0.0754 Å °	0.0423 Å °	0.0404 Å °	-0.0339 Å °	0.0751 Å °	0.0324 Å °	-0.0037 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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