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- PDB-4rtr: Complex of Escherichia coli DNA Adenine Methyltransferase (DAM) w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rtr
タイトルComplex of Escherichia coli DNA Adenine Methyltransferase (DAM) with AdoMet and a 5-bp non-canonical site (GTTTA )
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*G)-3')
  • DNA adenine methylaseDamメチラーゼ
キーワードTransferase/DNA / DAM METHYLATION (Damメチラーゼ) / GATC RECOGNITION / BASE FLIPPING / BACTERIAL VIRULENCE / methylation-independent transcriptional repressor / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type DNA replication initiation / : / Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / S-adenosyl-L-methionine binding / DNAミスマッチ修復 / response to UV / DNA-templated DNA replication / sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
Adenine-specific Methyltransferase; domain 2 / Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2 / Adenine modification methylase, M.EcoRV-type / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / Adenine-specific methyltransferase, domain 2 / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...Adenine-specific Methyltransferase; domain 2 / Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2 / Adenine modification methylase, M.EcoRV-type / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / Adenine-specific methyltransferase, domain 2 / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシルメチオニン / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / : / Damメチラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.393 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structures of Escherichia coli DNA adenine methyltransferase (Dam) in complex with a non-GATC sequence: potential implications for methylation-independent transcriptional repression.
著者: Horton, J.R. / Zhang, X. / Blumenthal, R.M. / Cheng, X.
履歴
登録2014年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年5月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA adenine methylase
F: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0504
ポリマ－41,6523
非ポリマー3981
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.660, 62.922, 136.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA adenine methylase / Damメチラーゼ


分子量: 34330.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 substr. MDS42 / 遺伝子: dam, ECMDS42_2833 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: H0Q7C9, UniProt: P0AEE8*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*AP*A)-3')


分子量: 3629.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*G)-3')


分子量: 3691.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHOR STATES THAT RESIDUES 175 WERE MODELED AS SER INSTEAD OF ALA BECAUSE OF EXTRA DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 4000, 80mM Magnesium acetate, 50mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→30 Å / Num. all: 14421 / Num. obs: 14421 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1360 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
GLRF位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2G1P

2g1p


解像度: 2.393→29.959 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2267 720 5 %RANDOM
Rwork0.1767 ---
obs0.1792 14395 93.22 %-
all-14395 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.393→29.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1991 468 27 105 2591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032599
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5813622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.55981
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.393-2.5780.24671440.22152614X-RAY DIFFRACTION91
2.578-2.83720.27361440.21572697X-RAY DIFFRACTION93
2.8372-3.24740.2561440.20012795X-RAY DIFFRACTION97
3.2474-4.08970.21331440.15622816X-RAY DIFFRACTION96
4.0897-29.9610.20141440.15862753X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.33650.6274-0.51691.1845-1.01220.9121-0.40821.08560.0588-0.82560.4742-0.2244-0.1987-0.4326-0.04540.4996-0.00840.05730.6010.07020.3841-11.8907-34.2679152.4719
20.85920.2962-0.13913.1916-0.56811.57850.00970.0659-0.06510.1334-0.0302-0.236-0.04250.12310.02460.18350.0254-0.00580.201-0.00750.2197-16.7183-34.0218162.2384
32.33210.18420.17682.5391-0.74183.2370.04270.3433-0.0133-0.44760.11180.0749-0.1506-0.0532-0.15020.40830.0212-0.00440.37220.03490.2393-24.0137-21.3509141.9362
44.4073-0.17160.81411.73820.05112.1971-0.57730.7662-0.6171-0.34210.31380.49120.1296-0.05560.1590.3775-0.0858-0.0590.6473-0.17060.5878-44.5105-49.1903150.6147
51.8962-0.44920.63170.372-0.40070.4554-0.5411.7217-0.3399-0.11970.11810.1128-0.01440.23380.3390.2765-0.05790.00320.6677-0.15210.489-46.5484-49.4531151.1816
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:17 )A3 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 18:162 )A18 - 162
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 163:272 )A163 - 272
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN F AND RESID 2:12 )F2 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN G AND RESID 1:12 )G1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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