+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rrf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Editing domain of threonyl-tRNA synthetase from Methanococcus jannaschii with L-Ser3AA | ||||||
要素 | Threonine--tRNA ligase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / DTD-like fold / Proofreading (校正) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 threonyl-tRNA aminoacylation / トレオニンtRNAリガーゼ / threonine-tRNA ligase activity / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Ahmad, S. / Yerabham, A.S.K. / Kamarthapu, V. / Sankaranarayanan, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: Specificity and catalysis hardwired at the RNA-protein interface in a translational proofreading enzyme. 著者: Ahmad, S. / Muthukumar, S. / Kuncha, S.K. / Routh, S.B. / Yerabham, A.S. / Hussain, T. / Kamarthapu, V. / Kruparani, S.P. / Sankaranarayanan, R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rrf.cif.gz | 186.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4rrf.ent.gz | 148.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rrf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/4rrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/4rrf | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 4rr6C 4rr7C 4rr8C 4rr9C 4rraC 4rrbC 4rrcC 4rrdC 4rrgC 4rrhC 4rriC 4rrjC 4rrkC 4rrlC 4rrmC 4rrqC 4rrrC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15951.302 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 1-141 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: thrS, MJ1197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58597, トレオニンtRNAリガーゼ #2: 化合物 | ChemComp-A3S / #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris HCl, 0.2M MgCl2, 25% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月6日 |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→25 Å / Num. all: 83269 / Num. obs: 75775 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.75 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.96 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→25 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|