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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rdq | ||||||
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タイトル | Calcium-activated chloride channel bestrophin-1, from chicken, in complex with Fab antibody fragments, chloride and calcium | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / transmembrane protein (膜貫通型タンパク質) / membrane protein (膜タンパク質) / ion channel (イオンチャネル) / calcium-activated chloride channel / CaCC / anion channel (イオンチャネル) / membrane (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Dickson, V.K. / Pedi, L. / Long, S.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2014 タイトル: Structure and insights into the function of a Ca(2+)-activated Cl(-) channel. 著者: Kane Dickson, V. / Pedi, L. / Long, S.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rdq.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rdq.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rdq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/4rdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/4rdq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 47614.344 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 2-405 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: Best1 bestrophin-1 / 発現宿主: pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: E1C3A0 |
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-抗体 , 2種, 10分子 FHJLNGIKMO
#2: 抗体 | 分子量: 23339.707 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: antibody secreted from hybridoma cells / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 抗体 | 分子量: 23638.525 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: antibody secreted from hybridoma cells / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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-非ポリマー , 6種, 45分子
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 化合物 | ChemComp-K / #8: 化合物 | ChemComp-C6N / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 5% PEG 4000, 75 mM KCl, 75 mM NaCl, 50 mM sodium acetate pH 4.0, 20% glycerol, 0.5 mM Cymal-6-NG (detergent), 10 mM Tris-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月19日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→40 Å / Num. obs: 188162 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 61.1 Å2 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 18682 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.85→39.891 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.53 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→39.891 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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