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- PDB-4r4z: Structure of PNGF-II in P21 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r4z
タイトルStructure of PNGF-II in P21 space group
要素PNGF-II
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / N-glycanase (PNGase) / PNGase F / Deglycosylation / N-glycoproteins
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced ascorbate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptide-N-glycosidase F, N-terminal domain / Peptide-N-glycosidase F, N-terminal domain superfamily / Peptide-N-glycosidase F, N terminal / Peptide-N-glycosidase F, N-terminal / Peptide-N-glycosidase F, C-terminal / Peptide-N-glycosidase F, N terminal / Peptide-N-glycosidase F, C terminal / Jelly Rolls - #230 / PHM/PNGase F domain superfamily / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase-like, C-terminal ...Peptide-N-glycosidase F, N-terminal domain / Peptide-N-glycosidase F, N-terminal domain superfamily / Peptide-N-glycosidase F, N terminal / Peptide-N-glycosidase F, N-terminal / Peptide-N-glycosidase F, C-terminal / Peptide-N-glycosidase F, N terminal / Peptide-N-glycosidase F, C terminal / Jelly Rolls - #230 / PHM/PNGase F domain superfamily / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase-like, C-terminal / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-glycanase peptide
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Sun, G. / Yu, X. / Celimuge / Wang, L. / Li, M. / Gan, J. / Qu, D. / Ma, J. / Chen, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Identification and Characterization of a Novel Prokaryotic Peptide: N-glycosidase from Elizabethkingia meningoseptica
著者: Sun, G. / Yu, X. / Celimuge / Wang, L. / Li, M. / Gan, J. / Qu, D. / Ma, J. / Chen, L.
履歴
登録2014年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PNGF-II
B: PNGF-II
C: PNGF-II
D: PNGF-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,1224
ポリマ－244,1224
非ポリマー00
水19811
1
A: PNGF-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0301
ポリマ－61,0301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PNGF-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0301
ポリマ－61,0301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PNGF-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0301
ポリマ－61,0301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PNGF-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0301
ポリマ－61,0301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.8, 94.2, 165.8
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 91.4, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A11 - 549
2010B11 - 549
1020A11 - 549
2020C11 - 549
1030A11 - 548
2030D11 - 548
1040B11 - 549
2040C11 - 549
1050B11 - 547
2050D11 - 547
1060C11 - 547
2060D11 - 547

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
PNGF-II


分子量: 61030.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア)
株: FMS-007 / 遺伝子: CP006576 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: A0A090KI56*PLUS, DNAポリメラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12% PEG3350, 0.1M sodium malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289 K

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データ収集

回折平均測定温度: 196 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 60898 / Num. obs: 55844 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 9.87
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Num. unique all: 6029 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R4X

4r4x


解像度: 2.81→29.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 42.517 / SU ML: 0.343 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.44 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 2856 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.204 60898 --
obs0.204 52973 90.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.349 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.9 Å2-0 Å20.96 Å2
2--5.75 Å20 Å2
3----2.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17023 0 0 11 17034
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01917394
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0216504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1561.94423553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.469338037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.76552149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3325.742836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.745153040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0061552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.22583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02120023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.024061
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.198333898
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free71.81858
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.975533550
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A331940.07
12B331940.07
21A334930.06
22C334930.06
31A332840.06
32D332840.06
41B332830.07
42C332830.07
51B336410.06
52D336410.06
61C333790.07
62D333790.07
LS精密化 シェル解像度: 2.815→2.887 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 166 -
Rwork0.328 3156 -
obs--74.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5403-0.970.1490.9638-0.66332.28820.10680.21360.1845-0.18320.0343-0.0351-0.1291-0.0375-0.14110.0927-0.0360.00450.04820.03040.0561-70.968-10.687-79.797
20.76770.098-0.05150.78150.27980.8046-0.02660.0362-0.07380.1209-0.00860.02840.0708-0.06740.03530.08640.04790.01050.0588-0.00090.0702-36.1611-27.4987-56.0111
30.68020.15910.01520.8895-0.00072.2090.11580.0565-0.02050.3288-0.0873-0.11590.12170.1166-0.02850.28430.0533-0.05310.05720.00810.091-38.561-4.948-23.498
40.8480.0744-0.21030.77820.10251.0392-0.00660.19660.2296-0.0661-0.01370.0153-0.23110.00520.02030.13320.0259-0.03060.06950.05230.0786-31.45190.1754-66.2176
50.4860.04490.05423.31340.46450.71520.0071-0.0144-0.17570.0214-0.0960.26530.1485-0.11610.08890.0764-0.04430.08180.0629-0.08150.23597.597-17.819-38.944
61.397-0.29110.1540.77640.19680.62320.00230.26410.1394-0.0524-0.08070.0809-0.03770.02370.07850.22970.03610.00610.05650.03150.12380.627224.96-33.2797
70.83470.8661-1.01621.7117-1.03131.43620.1149-0.04340.04220.11920.00410.0734-0.12720.0504-0.11890.28250.0144-0.03180.0127-0.0330.20140.43936.119-20.064
81.6885-0.2199-0.0530.67560.12951.0143-0.0341-0.1021-0.15670.1562-0.01910.11360.048-0.07670.05310.2510.03740.06240.02620.03460.19455.56078.6917-8.6315
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2A202 - 540
3X-RAY DIFFRACTION3B11 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4B202 - 539
5X-RAY DIFFRACTION5C11 - 201
6X-RAY DIFFRACTION6C202 - 539
7X-RAY DIFFRACTION7D11 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8D202 - 538

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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