ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CrystalClearデータ収集 PHASER位相決定 REFMAC5.8.0049精密化 CrystalClearデータ削減 CrystalClearデータスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 1JRN解像度 : 1.85→24.28 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.915 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.897 / SU B : 2.511 / SU ML : 0.076 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.171 / ESU R Free : 0.155 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.30361 522 5.3 % RANDOM Rwork 0.28262 - - - obs 0.28373 9376 95.77 % - all - 9840 - -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 12.361 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.33 Å2 0 Å2 -0.17 Å2 2- - 0.27 Å2 0 Å2 3- - - 0.1 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.85→24.28 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 506 8 151 665
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 38) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.009 0.011 568 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.525 1.136 880 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_degX-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.096 0.2 72 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.018 0.02 272 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 108 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_otherX-RAY DIFFRACTION r_scbond_it0.922 0.932 568 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_scangle_itX-RAY DIFFRACTION r_scangle_otherX-RAY DIFFRACTION r_long_range_B_refinedX-RAY DIFFRACTION r_long_range_B_otherX-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr