+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qyl | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the human BRPF1 bromodomain in complex with a histone H2AK5ac peptide | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / bromodomain-PHD finger protein 1 (BRPF1) / histone acetyltransferase (HAT) / monocytic leukemia zinc-finger (MOZ) / epigenetics (エピジェネティクス) / chromatin reader / bromodomain (ブロモドメイン) / histone post-transcriptional modification (PTM) reader domain / acetyllysine / nucleus (細胞核) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetyltransferase activator activity / regulation of developmental process / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of hemopoiesis / histone acetyltransferase complex / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / HCMV Late Events / HDACs deacetylate histones / Metalloprotease DUBs / RMTs methylate histone arginines ...acetyltransferase activator activity / regulation of developmental process / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of hemopoiesis / histone acetyltransferase complex / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / HCMV Late Events / HDACs deacetylate histones / Metalloprotease DUBs / RMTs methylate histone arginines / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / ヌクレオソーム / HATs acetylate histones / Ub-specific processing proteases / クロマチンリモデリング / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / DNA binding / extracellular exosome / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Lubula, M.Y. / Glass, K.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014 タイトル: Structural insights into recognition of acetylated histone ligands by the BRPF1 bromodomain. 著者: Lubula, M.Y. / Eckenroth, B.E. / Carlson, S. / Poplawski, A. / Chruszcz, M. / Glass, K.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qyl.cif.gz | 132.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4qyl.ent.gz | 105.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qyl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/4qyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/4qyl | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 117 / Label seq-ID: 1 - 117
NCSアンサンブル:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13720.686 Da / 分子数: 4 / 断片: bromodomain (UNP residues 629-742) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BR140, BRPF1 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2DE3pLysS / 参照: UniProt: P55201 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1217.361 Da / 分子数: 4 / 断片: histone H2AK5ac peptide (UNP residues 2-13) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0C0S8 #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M NH4SO4, 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 30% w/v polyethylene glycol monomethyl ether (PEG) 5000, 1% propylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月24日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→41.02 Å / Num. all: 48421 / Num. obs: 48421 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 21.04 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3RCW 解像度: 1.8→41.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.095 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.965 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.02 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|