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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q82 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Phospholipase/Carboxylesterase from Haliangium ochraceum | ||||||
要素 | Phospholipase/Carboxylesterase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta-fold | ||||||
機能・相同性 | Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ギ酸 / Phospholipase/Carboxylesterase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Haliangium ochraceum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.848 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Phospholipase/Carboxylesterase from Haliangium ochraceum 著者: Kim, Y. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4q82.cif.gz | 204.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4q82.ent.gz | 172.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4q82.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/4q82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/4q82 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | there are two monomers in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29739.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haliangium ochraceum (バクテリア) 株: DSM 14365 / 遺伝子: Hoch_6203 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 gold / 参照: UniProt: D0LMJ0 #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | ChemComp-FMT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.49 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Bis Tris Propane pH7.0, 1.8 M magnesium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97921 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 67799 / Num. obs: 67799 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 18.65 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3307 / Rsym value: 0.64 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.848→41.296 Å / SU ML: 0.13 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.3 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.848→41.296 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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