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- PDB-4pni: Bovine G protein-coupled receptor kinase 1 in complex with GSK2163632A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pni
タイトルBovine G protein-coupled receptor kinase 1 in complex with GSK2163632A
要素Rhodopsin kinase
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / AGC FAMILY KINASE / SER/THR KINASE / RGS HOMOLOGY DOMAIN / G PROTEIN COUPLED RECEPTOR KINASE / GRK / GRK1 / RHODOPSIN KINASE / HYDROLYASE / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rhodopsin kinase / rhodopsin kinase activity / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / regulation of signal transduction / 視覚 / photoreceptor disc membrane / protein autophosphorylation / シグナル伝達 / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin kinase, catalytic domain / GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily ...Rhodopsin kinase, catalytic domain / GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KQQ / Rhodopsin kinase GRK1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Homan, K.T. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL071818 and HL086865 米国
American Heart AssociationN014938 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Identification and structure-function analysis of subfamily selective g protein-coupled receptor kinase inhibitors.
著者: Homan, K.T. / Larimore, K.M. / Elkins, J.M. / Szklarz, M. / Knapp, S. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2014年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodopsin kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7738
ポリマ－63,0121
非ポリマー7617
水3,927218
1
A: Rhodopsin kinase
ヘテロ分子

A: Rhodopsin kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,54616
ポリマ－126,0242
非ポリマー1,52314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565x,-y+1,-z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area45810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.485, 66.566, 205.499
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Rhodopsin kinase / / RK / G protein-coupled receptor kinase 1


分子量: 63011.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GRK1, RHOK / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P28327, rhodopsin kinase
#2: 化合物 ChemComp-KQQ / 3-[(2-{[1-(N,N-dimethylglycyl)-6-methoxy-4,4-dimethyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-7-yl]amino}-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)amino]thiophene-2-carboxamide


分子量: 548.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H32N8O3S
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: MES, PEG 3350, NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→25 Å / Num. obs: 51503 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 90
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 19.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0032 / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.85→24.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.259 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23024 2753 5.1 %RANDOM
Rwork0.18848 ---
obs0.19054 51503 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.826 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0 Å20 Å2
2--0.22 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→24.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3956 0 45 218 4219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0194126
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0041.985578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97139032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2025498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.89823.596203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.16915714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8231533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02995
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2524.561989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.254.561990
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3446.8112488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3446.8112488
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2965.062137
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2955.062138
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.77.3753091
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.23936.5594763
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.24836.3854691
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 208 -
Rwork0.277 3672 -
obs--98.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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