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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pj0 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of T.elongatus Photosystem II, rows of dimers crystal packing | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Membrane Protein (膜タンパク質) / Photosystem II (光化学系II) / C12E8 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 チラコイド / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / : / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor ...チラコイド / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / : / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / 光合成 / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.437 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hellmich, J. / Bommer, M. / Burkhardt, A. / Ibrahim, M. / Kern, J. / Meents, A. / Mueh, F. / Dobbek, H. / Zouni, A. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2014 タイトル: Native-like Photosystem II Superstructure at 2.44 angstrom Resolution through Detergent Extraction from the Protein Crystal. 著者: Hellmich, J. / Bommer, M. / Burkhardt, A. / Ibrahim, M. / Kern, J. / Meents, A. / Muh, F. / Dobbek, H. / Zouni, A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pj0.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pj0.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pj0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/4pj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/4pj0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3arc S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 AaBbVv
#1: タンパク質 | 分子量: 38265.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A444, 光化学系II #2: タンパク質 | 分子量: 56656.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: Q9F1M3, UniProt: Q8DIQ1*PLUS, 光化学系II #16: タンパク質 | 分子量: 18046.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A386, 光化学系II |
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-Photosystem II ... , 15種, 30分子 CcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXxZzRr
#3: タンパク質 | 分子量: 50287.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8, 光化学系II #4: タンパク質 | 分子量: 39388.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8CM25, 光化学系II #7: タンパク質 | 分子量: 7358.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJ43, 光化学系II #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4410.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJZ6, 光化学系II #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P59087, 光化学系II #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5028.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9, 光化学系II #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN8, 光化学系II #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3981.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHA7, 光化学系II #13: タンパク質 | 分子量: 29637.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A431, 光化学系II #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3878.728 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ0, 光化学系II #15: タンパク質 | 分子量: 15030.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1L5, 光化学系II #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5039.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI1, 光化学系II #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4322.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1R6, 光化学系II #19: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHJ2, 光化学系II #20: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4590.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DKM3, 光化学系II |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIP0, 光化学系II #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5067.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN9, 光化学系II |
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-糖 , 1種, 8分子
#33: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 16種, 487分子
#21: 化合物 | #22: 化合物 | #23: 化合物 | ChemComp-LMG / #24: 化合物 | ChemComp-CL / #25: 化合物 | ChemComp-CLA / #26: 化合物 | ChemComp-BCR / #27: 化合物 | ChemComp-PL9 / #28: 化合物 | ChemComp-SQD / #29: 化合物 | ChemComp-LHG / #30: 化合物 | ChemComp-SO4 / #31: 化合物 | #32: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 #34: 化合物 | ChemComp-PHO / #35: 化合物 | #36: 化合物 | #37: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: Batch crystallisation: 2 mM Chl a equivalent of PSIIcc mixed 1:1 with: 0.1 M TRIS (pH 7.5), 0.1 M (NH4)2SO4, 15 - 18 % PEG 5000 MME, post-crystallisation dehydration |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / タイプ: その他 / 波長: 1.196 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si-111 double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.196 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.44→49.12 Å / Num. obs: 282213 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.524 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.6979 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / % possible all: 89.5 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1690) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ARC 3arc 解像度: 2.437→49.123 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.437→49.123 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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