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- PDB-4ng5: V203A horse liver alcohol dehydrogenase E complexed with NAD+ and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ng5
タイトルV203A horse liver alcohol dehydrogenase E complexed with NAD+ and 2,3,4,5,6-pentafluorobenzyl alcohol
要素Alcohol dehydrogenase E chain
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / dehydrogenase (脱水素酵素) / NAD / liver cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / アルコールデヒドロゲナーゼ / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) / 2,3,4,5,6-PENTAFLUOROBENZYL ALCOHOL / Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Plapp, B.V.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Effects of cavities at the nicotinamide binding site of liver alcohol dehydrogenase on structure, dynamics and catalysis.
著者: Yahashiri, A. / Rubach, J.K. / Plapp, B.V.
履歴
登録2013年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年2月12日Group: Database references
カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase E chain
B: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,10814
ポリマ－79,6502
非ポリマー2,45712
水18,9521052
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7770 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area26840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.520, 51.560, 92.550
Angle α, β, γ (deg.)91.80, 103.05, 110.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase E chain


分子量: 39825.223 Da / 分子数: 2 / 変異: V203A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: tac promoter / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 株: domestic horse / プラスミド: pBPP/EqADH E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue
参照: UniProt: P00327, アルコールデヒドロゲナーゼ

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非ポリマー , 5種, 1064分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAJ / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2
#4: 化合物 ChemComp-PFB / 2,3,4,5,6-PENTAFLUOROBENZYL ALCOHOL / 2,3,4,5,6-ペンタフルオロベンジルアルコ-ル


分子量: 198.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H3F5O
#5: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1052 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶化温度: 278 K / 手法: microdialysis / pH: 7
詳細: 50 mM ammonium N-[tris(hydrozymethyl)methyl]-2-aminoethanesulfonate and 0.5 mM EDTA, pH 6.7 (at 25 deg C), 10 mg/ml protein, 1 mM NAD+, 10 mM 2,3,4,5,6-pentafluorobenzyl alcohol, 13-25 % 2- ...詳細: 50 mM ammonium N-[tris(hydrozymethyl)methyl]-2-aminoethanesulfonate and 0.5 mM EDTA, pH 6.7 (at 25 deg C), 10 mg/ml protein, 1 mM NAD+, 10 mM 2,3,4,5,6-pentafluorobenzyl alcohol, 13-25 % 2-methyl-2,4-pentanediol, MICRODIALYSIS, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月16日
詳細: ADJUSTABLE FOCUS K-B PAIR SI PLUS PT, RH COATINGS DOUBLE CRYSTAL CRYOCOOLED SI(111)
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYOCOOLED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→20 Å / Num. all: 261399 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.25 % / Biso Wilson estimate: 10.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 3.44 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 16455 / % possible all: 54.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
REFMAC5.7.0032精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DWV

4dwv


解像度: 1.1→17.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 0.702 / SU ML: 0.015 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13655 2681 1 %RANDOM
Rwork0.11968 ---
all0.11985 261399 --
obs0.11985 258723 86.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.529 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å2-0.63 Å20.28 Å2
2--0.42 Å20.04 Å2
3----0.59 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.026 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→17.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5566 0 150 1052 6768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.026099
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7922.028287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.885314039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.295771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12924.651215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.093151124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9571526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0671.4113041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0661.413040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2892.1293808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2892.1293809
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0331.7093058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0351.713059
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3432.4564471
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.71314.4667990
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.79612.6687168
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.337312130
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.62210214
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.1641012875
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.128 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 116 -
Rwork0.317 11177 -
obs--50.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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