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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nft | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human lnkH2B-h2A.Z-Anp32e | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / Histone binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphatase inhibitor activity / histone chaperone activity / Swr1 complex / nucleosomal DNA binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / ヘテロクロマチン / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / Packaging Of Telomere Ends / protein folding chaperone / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine ...phosphatase inhibitor activity / histone chaperone activity / Swr1 complex / nucleosomal DNA binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / ヘテロクロマチン / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / Packaging Of Telomere Ends / protein folding chaperone / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / cellular response to estradiol stimulus / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / ユークロマチン / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / chromatin DNA binding / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / ヌクレオソーム / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / HATs acetylate histones / Processing of DNA double-strand break ends / antibacterial humoral response / histone binding / cytoplasmic vesicle / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / regulation of apoptotic process / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / Ub-specific processing proteases / defense response to Gram-positive bacterium / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å | ||||||
データ登録者 | Shan, S. / Pan, L. / Mao, Z. / Wang, W. / Sun, J. / Dong, Q. / Liang, X. / Ding, X. / Chen, S. / Dai, L. ...Shan, S. / Pan, L. / Mao, Z. / Wang, W. / Sun, J. / Dong, Q. / Liang, X. / Ding, X. / Chen, S. / Dai, L. / Zhang, Z. / Zhu, B. / Zhou, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014 タイトル: Anp32e, a higher eukaryotic histone chaperone directs preferential recognition for H2A.Z 著者: Mao, Z. / Pan, L. / Wang, W. / Sun, J. / Shan, S. / Dong, Q. / Liang, X. / Dai, L. / Ding, X. / Chen, S. / Zhang, Z. / Zhu, B. / Zhou, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nft.cif.gz | 154.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4nft.ent.gz | 123.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nft.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/4nft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/4nft | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22508.875 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 34-126, 16-114 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimera of H2B and H2A.Z / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2BFQ, H2AZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16778, UniProt: P0C0S5 #2: タンパク質 | 分子量: 6027.800 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 185-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANP32E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BTT0 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M Sodium thiocyanate, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 29217 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 31.81 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→39.795 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.5309 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 46.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.73 Å2 / Biso mean: 31.3547 Å2 / Biso min: 12.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.61→39.795 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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