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- PDB-4msv: Crystal structure of FASL and DcR3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4msv
タイトルCrystal structure of FASL and DcR3 complex
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / FASL (Fasリガンド) / DCR3 / TNF / TNFR / TNF6 / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI-BIOLOGY / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS / RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / IMMUNITY / TNF SUPE CD95L / FAS LIGAND (Fasリガンド) / MEMBRANE (生体膜) / ATOMS-TO-ANIMALS: THE IMMUNE FUNCTION NETWORK / IFN / JELLY-ROLL FOLD / BIND TNF RECEPTOR FAS / Protein Structure Initiative / New York Structural Genomics Research Consortium / CD95L (Fasリガンド) / TNF SUPERFAMILY (腫瘍壊死因子) / SECRETED PROTEIN / CYTOKINE (サイトカイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


release of sequestered calcium ion into cytosol by endoplasmic reticulum / positive regulation of phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / inflammatory cell apoptotic process / cytoplasmic vesicle lumen / FasL/ CD95L signaling / retinal cell programmed cell death / intracellular chloride ion homeostasis / TNFs bind their physiological receptors / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited ...release of sequestered calcium ion into cytosol by endoplasmic reticulum / positive regulation of phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / inflammatory cell apoptotic process / cytoplasmic vesicle lumen / FasL/ CD95L signaling / retinal cell programmed cell death / intracellular chloride ion homeostasis / TNFs bind their physiological receptors / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / endosomal lumen acidification / T cell apoptotic process / necroptotic signaling pathway / response to growth factor / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / necroptotic process / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway / lysosomal lumen / negative regulation of angiogenesis / cytokine activity / カベオラ / apoptotic signaling pathway / cellular response to type II interferon / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of neuron apoptotic process / cell-cell signaling / signaling receptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to lipopolysaccharide / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6 / Tumor necrosis factor receptor 6B, N-terminal / 腫瘍壊死因子 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / TNF family signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF family profile. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family ...Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6 / Tumor necrosis factor receptor 6B, N-terminal / 腫瘍壊死因子 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / TNF family signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF family profile. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / リボン / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liu, W. / Ramagopal, U.A. / Zhan, C. / Bonanno, J.B. / Bhosle, R.C. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN) / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Complex of Human FasL and Its Decoy Receptor DcR3.
著者: Liu, W. / Ramagopal, U. / Cheng, H. / Bonanno, J.B. / Toro, R. / Bhosle, R. / Zhan, C. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Source and taxonomy
改定 1.22016年11月16日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5064
ポリマ－36,3892
非ポリマー1162
水1,13563
1
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
ヘテロ分子

B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
ヘテロ分子

B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,51712
ポリマ－109,1686
非ポリマー3496
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area12750 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area42810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.909, 126.909, 205.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B / Decoy receptor 3 / DcR3 / Decoy receptor for Fas ligand / M68


分子量: 19044.217 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-195 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF6B, DCR3, TR6, UNQ186/PRO212 / プラスミド: pMT-Bip-V5-His / 細胞株 (発現宿主): S2 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: O95407
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6 / Apoptosis antigen ligand / APTL / CD95 ligand / CD95-L / Fas antigen ligand / Fas ligand / FasL / ...Apoptosis antigen ligand / APTL / CD95 ligand / CD95-L / Fas antigen ligand / Fas ligand / FasL / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6 / membrane form / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6 / soluble form / Receptor-binding FasL ectodomain / Soluble Fas ligand / sFasL / ADAM10-processed FasL form / APL / FasL intracellular domain / FasL ICD / SPPL2A-processed FasL form / SPA


分子量: 17344.959 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 130-281 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FASLG, APT1LG1, CD95L, FASL, TNFSF6 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21phys / 参照: UniProt: P48023
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 15.86 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.09M Malonic Acid, 0.013M Ammonium Citr Tribasic, 0.006M Succinic Acid, 0.015M DL-Malic Acid, 0.02M Sodium Acetate, 0.025 M Sodium Formate, 0.008 M Ammonium Tartrate Dibasic, Final pH 7.0; 0. ...詳細: 0.09M Malonic Acid, 0.013M Ammonium Citr Tribasic, 0.006M Succinic Acid, 0.015M DL-Malic Acid, 0.02M Sodium Acetate, 0.025 M Sodium Formate, 0.008 M Ammonium Tartrate Dibasic, Final pH 7.0; 0.1M HEPES:NaOH pH 7.0, 10% (w/v) PEG MME 5000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 22326 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.826 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.773 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4J6G

4j6g


解像度: 2.5→48.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.487 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22075 1144 5.1 %RANDOM
Rwork0.18744 ---
obs0.18914 21164 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.065 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å2-0.34 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2332 0 7 63 2402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0192419
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0361.953287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9693.0085067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4685298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.48922.569109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.56515379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6121520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02592
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.496→2.561 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 78 -
Rwork0.294 1436 -
obs--92.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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