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- PDB-4mlp: Mammalian cryptochrome in complex with a small molecule competito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mlp
タイトルMammalian cryptochrome in complex with a small molecule competitor of its ubiquitin ligase
要素Cryptochrome-2クリプトクロム
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / photolyase homology region / transcriptional repressor / PERIOD / FBXL3 / CLOCK (時計) / nucleus (細胞核)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sodium-dependent phosphate transport / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lipid storage / entrainment of circadian clock by photoperiod / photoreceptor activity / response to light stimulus / phosphatase binding / FAD binding ...regulation of sodium-dependent phosphate transport / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lipid storage / entrainment of circadian clock by photoperiod / photoreceptor activity / response to light stimulus / phosphatase binding / FAD binding / response to activity / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / response to insulin / regulation of circadian rhythm / kinase binding / protein import into nucleus / 概日リズム / single-stranded DNA binding / glucose homeostasis / damaged DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / DNA binding / extracellular region / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. ...DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2CX / Cryptochrome-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.943 Å
データ登録者Nangle, S. / Xing, W. / Zheng, N.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of mammalian cryptochrome in complex with a small molecule competitor of its ubiquitin ligase.
著者: Nangle, S. / Xing, W. / Zheng, N.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Cryptochrome-2
A: Cryptochrome-2
B: Cryptochrome-2
D: Cryptochrome-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,3508
ポリマ－234,7564
非ポリマー1,5944
水27,9951554
1
C: Cryptochrome-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0882
ポリマ－58,6891
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Cryptochrome-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0882
ポリマ－58,6891
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Cryptochrome-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0882
ポリマ－58,6891
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cryptochrome-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0882
ポリマ－58,6891
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.210, 93.651, 141.179
Angle α, β, γ (deg.)89.94, 90.09, 90.25
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Cryptochrome-2 / クリプトクロム


分子量: 58689.047 Da / 分子数: 4 / 断片: photolyase homology region UNP residues 1-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cry2, Kiaa0658 / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9R194
#2: 化合物
ChemComp-2CX / N-[(2S)-3-(9H-carbazol-9-yl)-2-hydroxypropyl]-N-(furan-2-ylmethyl)methanesulfonamide


分子量: 398.475 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N2O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES and 4-5% PEG8K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 175262 / Num. obs: 170540 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 %
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.95-1.980.601195.1
1.98-2.020.496195
2.02-2.060.417195.7
2.06-2.10.369195.2
2.1-2.150.297196.3
2.15-2.20.239195.8
2.2-2.250.22196.4
2.25-2.310.18196.6
2.31-2.380.151196.8
2.38-2.460.131197.3
2.46-2.540.112197.4
2.54-2.650.099197.7
2.65-2.770.092197.9
2.77-2.910.081197.9
2.91-3.10.074198.3
3.1-3.330.068198.3
3.33-3.670.061198.5
3.67-4.20.054198.1
4.2-5.290.048198.1
5.29-500.045198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4I6J

4i6j


解像度: 1.943→44.458 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 21.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2167 1499 88 %random
Rwork0.1795 ---
obs0.1798 170540 --
all-175262 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.943→44.458 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16060 0 112 1554 17726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00716656
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08722612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0946184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042908
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9433-2.0060.27151220.207613134X-RAY DIFFRACTION80
2.006-2.07770.25031250.205214782X-RAY DIFFRACTION90
2.0777-2.16090.24561360.198414908X-RAY DIFFRACTION91
2.1609-2.25920.20981290.190615265X-RAY DIFFRACTION93
2.2592-2.37840.24961430.191815386X-RAY DIFFRACTION94
2.3784-2.52730.23091330.185515704X-RAY DIFFRACTION95
2.5273-2.72250.20731420.189415700X-RAY DIFFRACTION96
2.7225-2.99640.23641410.18815973X-RAY DIFFRACTION97
2.9964-3.42980.2611410.184616058X-RAY DIFFRACTION98
3.4298-4.32060.19761410.159416032X-RAY DIFFRACTION98
4.3206-44.46940.17791460.168316099X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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