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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mj3 | ||||||
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タイトル | Haloalkane dehalogenase DmrA from Mycobacterium rhodesiae JS60 | ||||||
要素 | Haloalkane dehalogenase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Dehalogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium rhodesiae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Fung, H. / Gadd, M.S. / Guss, J.M. / Matthews, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2015 タイトル: Biochemical and biophysical characterisation of haloalkane dehalogenases DmrA and DmrB in Mycobacterium strain JS60 and their role in growth on haloalkanes. 著者: Fung, H.K. / Gadd, M.S. / Drury, T.A. / Cheung, S. / Guss, J.M. / Coleman, N.V. / Matthews, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mj3.cif.gz | 470.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mj3.ent.gz | 402.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mj3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mj3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35782.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium rhodesiae (バクテリア) 株: JS60 / 遺伝子: MycrhDRAFT_3907 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4I2J6, haloalkane dehalogenase #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M bis-Tris propane, pH 6.5, 0.2 M potassium thiocyanate, 16% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月8日 |
放射 | モノクロメーター: SILICON DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 134710 / Num. obs: 134710 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / % possible all: 95.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→48.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.58 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.6 Å2 / Biso mean: 17.2792 Å2 / Biso min: 7.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.72 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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