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万見
- PDB-4mea: Crystal structure of the Cif epoxide hydrolase from Acinetobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mea
タイトルCrystal structure of the Cif epoxide hydrolase from Acinetobacter nosocomialis
要素Predicted proteinタンパク質構造予測
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta hydrolase fold / epoxide hydrolase / secreted (分泌)
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter sp. RUH2624 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Bahl, C.D. / Madden, D.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Signature motifs identify an acinetobacter cif virulence factor with epoxide hydrolase activity.
著者: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Bridges, A.A. / Ballok, A.E. / Bomberger, J.M. / Cady, K.C. / O'Toole, G.A. / Madden, D.R.
履歴
登録2013年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22014年4月2日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted protein
B: Predicted protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7162
ポリマ－73,7162
非ポリマー00
水10,953608
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area22970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.688, 42.584, 86.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Predicted protein / タンパク質構造予測


分子量: 36857.859 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-349 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter sp. RUH2624 (バクテリア)
遺伝子: acif, HMPREF0014_00517 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0BWK6
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 100 mM monopotassium phosphate, 100 mM sodium citrate, 20% PEG 4000, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月27日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→42.42 Å / Num. obs: 45537 / % possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3KD2

3kd2


解像度: 1.95→42.417 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 16.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1861 2296 5.04 %thin shells
Rwork0.1456 ---
obs0.1476 45523 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.288 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7791 Å2-0 Å2-3.1777 Å2
2---0.4562 Å2-0 Å2
3----0.3228 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.417 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5059 0 0 608 5667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0287112
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6851924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075747
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005916
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.99240.25521350.17442667X-RAY DIFFRACTION100
1.9924-2.03870.21071740.15862653X-RAY DIFFRACTION100
2.0387-2.08970.24331530.14592657X-RAY DIFFRACTION100
2.0897-2.14620.19441160.14822712X-RAY DIFFRACTION100
2.1462-2.20940.21531150.14952698X-RAY DIFFRACTION100
2.2094-2.28070.20311620.14072686X-RAY DIFFRACTION100
2.2807-2.36220.19561850.14222643X-RAY DIFFRACTION100
2.3622-2.45670.19181140.14292709X-RAY DIFFRACTION100
2.4567-2.56850.2061170.14862703X-RAY DIFFRACTION100
2.5685-2.70390.18091150.14722728X-RAY DIFFRACTION100
2.7039-2.87330.18112330.14642614X-RAY DIFFRACTION100
2.8733-3.09510.18291150.14042744X-RAY DIFFRACTION100
3.0951-3.40640.17861130.14622726X-RAY DIFFRACTION100
3.4064-3.89910.15921130.13072780X-RAY DIFFRACTION100
3.8991-4.91120.14232290.11872644X-RAY DIFFRACTION100
4.9112-42.42660.22641070.1852863X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00640.00160.00330.00410.00040.0039-0.00260.00330.00780.0051-0.0058-0.0111-0.00660.007-0.02160.0238-0.013-0.01120.03030.01460.0259-6.72485.6928-18.9426
20.0137-0.00640.00680.0113-0.00750.00560.0031-0.0049-0.00230.00140.00140.0052-0.0017-0.00290.00060.0154-0.00360.00440.00650.00010.0078-44.29216.4001-22.7176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 25:348)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND RESID 26:348)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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