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- PDB-4m8n: Crystal Structure of PlexinC1/Rap1B Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m8n
タイトルCrystal Structure of PlexinC1/Rap1B Complex
要素
  • PlexinC1 Intracellular Region
  • Ras-related protein Rap-1b
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPase (GTPアーゼ) / GTPase activating protein (GTPアーゼ活性化タンパク質) / Rap / GTP binding / Magnesium Binding (マグネシウム) / Membrane (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


Rap protein signal transduction / modification of postsynaptic structure / regulation of cell junction assembly / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of integrin activation / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / semaphorin receptor activity / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier ...Rap protein signal transduction / modification of postsynaptic structure / regulation of cell junction assembly / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of integrin activation / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / semaphorin receptor activity / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / regulation of establishment of cell polarity / MET activates RAP1 and RAC1 / azurophil granule membrane / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / cellular response to cAMP / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / lipid droplet / Integrin signaling / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / 軸索誘導 / establishment of localization in cell / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / GDP binding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / cell-cell junction / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / GTPase activity / glutamatergic synapse / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Ras-related protein Rap1 / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Sema domain / Sema domain superfamily ...GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Ras-related protein Rap1 / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / Rho GTPase activation protein / IPT domain / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フッ化アルミニウム / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rap-1b / Plexin C1
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.294 Å
データ登録者Pascoe, H.G. / Wang, Y. / Brautigam, C.A. / He, H. / Zhang, X.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: Structural basis for activation and non-canonical catalysis of the Rap GTPase activating protein domain of plexin.
著者: Wang, Y. / Pascoe, H.G. / Brautigam, C.A. / He, H. / Zhang, X.
履歴
登録2013年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PlexinC1 Intracellular Region
B: PlexinC1 Intracellular Region
C: PlexinC1 Intracellular Region
D: PlexinC1 Intracellular Region
E: Ras-related protein Rap-1b
F: Ras-related protein Rap-1b
G: Ras-related protein Rap-1b
H: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)364,71020
ポリマ－362,5048
非ポリマー2,20612
水18010
1
A: PlexinC1 Intracellular Region
D: PlexinC1 Intracellular Region
E: Ras-related protein Rap-1b
H: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,35510
ポリマ－181,2524
非ポリマー1,1036
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12450 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area61100 Å2
手法PISA
2
B: PlexinC1 Intracellular Region
C: PlexinC1 Intracellular Region
F: Ras-related protein Rap-1b
G: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,35510
ポリマ－181,2524
非ポリマー1,1036
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12440 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area60340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.276, 84.734, 138.752
Angle α, β, γ (deg.)91.09, 95.15, 90.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
PlexinC1 Intracellular Region


分子量: 69216.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: Plexin C1, plxnc1 / プラスミド: modified pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(Arctic Express) / 参照: UniProt: Q5RGW1
#2: タンパク質
Ras-related protein Rap-1b / GTP-binding protein smg p21B


分子量: 21409.752 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OK/SW-cl.11, Rap 1B, RAP1B / プラスミド: modified pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P61224

-
非ポリマー , 4種, 22分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム / フッ化アルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1 M HEPES, 5% 2-propanol, 25% PEG 3350, 3.6% polypropylene glycol P400, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月13日
放射モノクロメーター: si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.294→50 Å / Num. all: 51910 / Num. obs: 47245 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 106.4 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 3.294→3.36 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.487 / % possible all: 89.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化解像度: 3.294→41.053 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 35.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2995 1804 3.82 %
Rwork0.2427 --
obs0.2449 47207 90.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.294→41.053 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22086 0 132 10 22228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00522624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70230725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6187843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023885
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.294-3.38340.36981270.32183168X-RAY DIFFRACTION81
3.3834-3.48290.35261360.30333418X-RAY DIFFRACTION89
3.4829-3.59520.33661360.28443473X-RAY DIFFRACTION90
3.5952-3.72360.39451380.28723458X-RAY DIFFRACTION89
3.7236-3.87260.34951350.28123399X-RAY DIFFRACTION88
3.8726-4.04870.31111390.26763433X-RAY DIFFRACTION88
4.0487-4.2620.31271350.24843409X-RAY DIFFRACTION88
4.262-4.52870.28941310.2353452X-RAY DIFFRACTION89
4.5287-4.87780.31921370.23273497X-RAY DIFFRACTION91
4.8778-5.36770.31450.22573580X-RAY DIFFRACTION92
5.3677-6.14220.31231450.24833700X-RAY DIFFRACTION96
6.1422-7.73010.27111520.24423772X-RAY DIFFRACTION97
7.7301-41.05630.25661480.21183644X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.0163-0.421-1.48139.08891.70177.18280.4839-0.47650.2550.7354-0.0747-1.2733-0.93230.8725-0.40930.8606-0.2159-0.17371.0632-0.00790.76849.8109199.8424-191.2474
27.27430.01461.65163.9946-0.66689.04690.67920.6675-0.0233-0.6967-0.2697-0.95881.07621.4447-0.43320.72810.19610.1640.91940.02331.022148.0493135.0333-132.7445
35.9003-0.19612.6238.2381-0.24372.73920.3873-0.70560.81260.5443-0.53890.5392-0.0123-0.38320.03650.93450.0060.26140.9625-0.01930.769734.9223197.0488-113.7216
48.15211.23030.61327.1421.22167.41680.31710.6833-1.14810.1484-0.3433-0.22540.5051-0.5161-0.03490.76670.0543-0.20590.8103-0.23561.3952-3.1031137.3108-209.9596
56.8693-2.35270.20134.74090.1532.09130.38470.0967-0.6239-0.51110.02361.07910.2321-0.7865-0.39150.7805-0.0438-0.21450.86310.14740.8626-24.4972190.4095-204.2288
67.47471.536-1.26664.69160.27072.37890.0074-0.1484-0.28150.4639-0.25121.4805-0.0441-0.82380.08050.64870.01940.32980.91770.00841.315314.2207144.5564-119.3151
71.60830.26150.02684.0682-1.42826.0972-0.16110.59610.0198-1.2595-0.06160.0061-0.2457-0.15860.24951.3970.06620.05420.7547-0.00660.683335.4674187.9366-150.9294
81.19250.3711-0.22933.039-0.07074.8322-0.1226-0.40960.20871.1704-0.11110.22830.7344-0.12830.2411.62940.0764-0.18260.7594-0.11821.2022-2.4848146.3013-172.4526
93.6436-0.1856-0.78063.1795-2.22955.62960.35061.2972-0.4813-1.24270.20160.2770.50740.5568-0.44351.66750.1868-0.28911.3766-0.21380.8009-13.3472185.0722-224.4652
106.8318-0.76340.33325.9043.3222.3305-0.17440.5555-0.3988-1.01580.0507-1.2349-0.30140.75020.39141.38350.07060.46691.0490.14591.198257.691182.0885-147.5264
114.92920.2568-1.66914.92950.50255.08140.2335-1.95820.50141.8884-0.0910.27130.35220.301-0.0461.364-0.14420.2751.6538-0.1821.02125.2144150.0612-99.5517
123.54680.3907-0.17585.3091-0.10515.9973-0.2766-0.43520.84870.9046-0.0337-2.02240.24791.4610.50461.34860.1585-0.73511.1665-0.05582.217619.7232152.9009-176.4779
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 775:925 )A775 - 925
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 775:925 )B775 - 925
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 775:913 )C775 - 913
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 775:912 )D775 - 912
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND ( RESID 554:774 OR RESID 926:1146 ) )A554 - 774
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND ( RESID 554:774 OR RESID 926:1146 ) )A926 - 1146
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND ( RESID 553:774 OR RESID 926:1145 ) )B553 - 774
8X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND ( RESID 553:774 OR RESID 926:1145 ) )B926 - 1145
9X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND ( RESID 558:774 OR RESID 926:1145 ) )C558 - 774
10X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND ( RESID 558:774 OR RESID 926:1145 ) )C926 - 1145
11X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND ( RESID 558:774 OR RESID 929:1145 ) )D558 - 774
12X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND ( RESID 558:774 OR RESID 929:1145 ) )D929 - 1145
13X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN E AND ( RESID 1:168 OR RESID 200:202 ) )E1 - 168
14X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN E AND ( RESID 1:168 OR RESID 200:202 ) )E200 - 202
15X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN F AND ( RESID 2:167 OR RESID 200:202 ) )F2 - 167
16X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN F AND ( RESID 2:167 OR RESID 200:202 ) )F200 - 202
17X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN G AND ( RESID 1:168 OR RESID 200:202 ) )G1 - 168
18X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN G AND ( RESID 1:168 OR RESID 200:202 ) )G200 - 202
19X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN H AND ( RESID 1:167 OR RESID 200:202 ) )H1 - 167
20X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN H AND ( RESID 1:167 OR RESID 200:202 ) )H200 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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