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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ldp | ||||||
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タイトル | Spinosyn Forosaminyltransferase SpnP | ||||||
要素 | NDP-forosamyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharopolyspora spinosa (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Isiorho, E.A. / Liu, H.-W. / Keatinge-Clay, A.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: SpnP; Structural Insights into the Activation of GT-1 Glycosyltransferases by Helper Proteins 著者: Isiorho, E.A. / Jeon, B.-S. / Liu, H.-W. / Keatinge-Clay, A.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ldp.cif.gz | 157.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ldp.ent.gz | 124.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ldp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4ldp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4ldp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50502.125 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 17-455 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharopolyspora spinosa (バクテリア) 遺伝子: spnP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ALN7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.24 詳細: 7 mM PSA, 46% (w/v) PEG 200, 0.6-3.0% (w/v) dextran sulfate MR 5,000, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M phosphate citrate buffer, pH 4.24, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月23日 |
放射 | モノクロメーター: Asymmetric cut single crystal Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→46.93 Å / Num. obs: 36239 / % possible obs: 99.65 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.562 Å / % possible all: 97.31 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→46.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 8.201 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.201 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.93 Å
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拘束条件 |
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