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- PDB-4kqq: CRYSTAL STRUCTURE OF PENICILLIN-BINDING PROTEIN 3 FROM PSEUDOMONA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kqq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PENICILLIN-BINDING PROTEIN 3 FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA IN COMPLEX WITH (5S)-Penicilloic Acid
要素Penicillin-binding protein 3
キーワードBiosynthetic Protein/Antibiotic (生合成) / PENICILLIN-BINDING PROTEINS (ペニシリン結合タンパク質) / PIPERACILLIN (ピペラシリン) / (5S)-Penicilloic Acid / CELL WALL BIOSYNTHESIS / TRANSPEPTIDASE / OUT PERIPLASMIC MEMBRANE / Biosynthetic Protein (生合成) / Biosynthetic Protein-Antibiotic Complex (生合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / タンパク質分解 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
イミダゾール / Chem-VPP / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nettleship, J.E. / Stuart, D.I. / Owens, R.J. / Ren, J.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Binding of (5S)-Penicilloic Acid to Penicillin Binding Protein 3.
著者: van Berkel, S.S. / Nettleship, J.E. / Leung, I.K. / Brem, J. / Choi, H. / Stuart, D.I. / Claridge, T.D. / McDonough, M.A. / Owens, R.J. / Ren, J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2013年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 3
B: Penicillin-binding protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,01213
ポリマ－122,3052
非ポリマー1,70711
水7,638424
1
A: Penicillin-binding protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9776
ポリマ－61,1531
非ポリマー8245
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Penicillin-binding protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0357
ポリマ－61,1531
非ポリマー8836
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.931, 74.168, 82.121
Angle α, β, γ (deg.)71.60, 86.05, 85.85
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 57 - 570 / Label seq-ID: 42 - 555

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 3


分子量: 61152.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: ftsI, PA4418 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G3XD46

-
非ポリマー , 5種, 435分子

#2: 化合物 ChemComp-VPP / (2S,4S)-2-[(R)-carboxy{[(2R)-2-{[(4-ethyl-2,3-dioxopiperazin-1-yl)carbonyl]amino}-2-phenylacetyl]amino}methyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / (5S)-Penicilloic Acid


分子量: 535.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H29N5O8S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.5 M NaCl; 0.1 M imidazole , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 66325 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.11→2.19 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 6071 / % possible all: 83.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OCL

3ocl


解像度: 2.1→46.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 11.859 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24612 3357 5.1 %RANDOM
Rwork0.20353 ---
obs0.20568 62968 90.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20.29 Å20.76 Å2
2--1.68 Å22.49 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7767 0 112 424 8303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0198027
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.98110892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.47551016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.41123.382340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.887151311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2431571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 620 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.104→2.159 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 210 -
Rwork0.339 3836 -
obs--74.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.07-0.0922-2.42490.2977-0.39146.96930.13650.07880.0384-0.2494-0.1632-0.09430.03130.32040.02670.2990.03340.08070.2535-0.04170.16487.01630.5347-25.7119
20.7955-0.9406-0.63186.1637-4.06895.1156-0.1767-0.00330.03430.1970.2903-0.00030.175-0.3149-0.11360.37610.07890.03870.25610.05190.20433.958218.0162-40.1987
31.2730.0043-0.08020.96380.22222.6852-0.00070.15760.0778-0.0692-0.0207-0.0219-0.03840.04660.02140.00680.003-0.0030.0396-0.02650.0823-3.94655.0754-1.2755
41.8985-0.1417-0.29041.9149-0.57962.4545-0.0632-0.2041-0.12260.21020.02190.040.21960.07880.04130.08190.00970.03050.0335-0.01280.0813-3.6023-3.531417.3777
52.66760.2078-2.02744.8840.32312.8195-0.0921-0.827-0.01010.67950.1095-0.3624-0.03540.5322-0.01750.1540.0506-0.01080.2849-0.03810.090732.636120.635426.7699
60.0514-0.05310.38488.3389-4.02655.8867-0.1113-0.115-0.0030.2347-0.0933-0.3638-0.6706-0.24320.20460.52930.0322-0.0480.68240.26870.313732.50621.343747.8907
71.6143-0.36190.36460.75720.01142.7913-0.00140.0380.02280.1220.07360.00870.07260.0257-0.07220.03190.00550.03030.0197-0.02690.109724.47114.24938.8726
82.07070.00620.22562.0325-0.3982.4401-0.01070.41460.2265-0.1948-0.01110.0416-0.16330.02440.02180.0652-0.0129-0.01380.11840.05560.093824.812322.8074-9.7675
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 77
2X-RAY DIFFRACTION1A152 - 222
3X-RAY DIFFRACTION2A78 - 151
4X-RAY DIFFRACTION3A223 - 292
5X-RAY DIFFRACTION4A293 - 600
6X-RAY DIFFRACTION5B0 - 77
7X-RAY DIFFRACTION5B152 - 222
8X-RAY DIFFRACTION6B78 - 151
9X-RAY DIFFRACTION7B223 - 292
10X-RAY DIFFRACTION8B293 - 600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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