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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kju | ||||||
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タイトル | Crystal structure of XIAP-Bir2 with a bound benzodiazepinone inhibitor. | ||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase XIAP | ||||||
キーワード | APOPTOSIS/APOPTOSIS INHIBITOR / XIAP inhibitors / BIR2 / benzodiazepinone / oncology (腫瘍学) / caspase (カスパーゼ) / APOPTOSIS-APOPTOSIS INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase regulator activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway ...endopeptidase regulator activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of innate immune response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein K63-linked ubiquitination / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Regulation of PTEN localization / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Regulation of necroptotic cell death / Wntシグナル経路 / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Lukacs, C.M. / Janson, C.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013 タイトル: Optimization of Benzodiazepinones as Selective Inhibitors of the X-Linked Inhibitor of Apoptosis Protein (XIAP) Second Baculovirus IAP Repeat (BIR2) Domain. 著者: Kester, R.F. / Donnell, A.F. / Lou, Y. / Remiszewski, S.W. / Lombardo, L.J. / Chen, S. / Le, N.T. / Lo, J. / Moliterni, J.A. / Han, X. / Hogg, J.H. / Liang, W. / Michoud, C. / Rupert, K.C. / ...著者: Kester, R.F. / Donnell, A.F. / Lou, Y. / Remiszewski, S.W. / Lombardo, L.J. / Chen, S. / Le, N.T. / Lo, J. / Moliterni, J.A. / Han, X. / Hogg, J.H. / Liang, W. / Michoud, C. / Rupert, K.C. / Mischke, S. / Le, K. / Weisel, M. / Janson, C.A. / Lukacs, C.M. / Fretland, A.J. / Hong, K. / Polonskaia, A. / Gao, L. / Li, S. / Solis, D.S. / Aguilar, D. / Tardell, C. / Dvorozniak, M. / Tannu, S. / Lee, E.C. / Schutt, A.D. / Goggin, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kju.cif.gz | 50.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kju.ent.gz | 35.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kju.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/4kju ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/4kju | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9936.131 Da / 分子数: 2 / 断片: XIAP-Bir2 (unp residues 152-236) / 変異: C202A, C213G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XIAP, API3, BIRC4, IAP3 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)PLysS 参照: UniProt: P98170, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-1RH / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.39 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 125 mM Bis-tris-propane , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99987 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→38.2 Å / Num. obs: 21271 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 21.64 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 3045 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4J3Y 解像度: 1.6→38.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.866 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.276 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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