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- PDB-4kb1: Crystal structure of RNase T in complex with a bluge DNA (two nuc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kb1
タイトルCrystal structure of RNase T in complex with a bluge DNA (two nucleotide insertion CT )
要素
  • Bulge DNA
  • Ribonuclease T
キーワードHydrolase/dna / DnaQ / DEDD / exonuclease (エキソヌクレアーゼ) / DNA repair (DNA修復) / Hydrolase-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / DNA damage response ...rRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / DNA damage response / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease T / エキソヌクレアーゼ / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Ribonuclease T
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hsiao, Y.-Y. / Yuan, H.S.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into DNA repair by RNase T--an exonuclease processing 3' end of structured DNA in repair pathways.
著者: Hsiao, Y.Y. / Fang, W.H. / Lee, C.C. / Chen, Y.P. / Yuan, H.S.
履歴
登録2013年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease T
B: Ribonuclease T
C: Bulge DNA
D: Bulge DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4548
ポリマ－62,3574
非ポリマー974
水10,251569
1
A: Ribonuclease T
C: Bulge DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2274
ポリマ－31,1792
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12960 Å2
手法PISA
2
B: Ribonuclease T
D: Bulge DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2274
ポリマ－31,1792
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.556, 81.844, 73.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease T / / Exoribonuclease T / RNase T


分子量: 25719.035 Da / 分子数: 2 / 断片: RNase T / 変異: NO / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1652, JW1644, rnt / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: P30014, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 Bulge DNA


分子量: 5459.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.10% w/v n-Octyl- -D-glucoside, 0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrate, 22% Polyethylene glycol 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月3日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 65372 / Num. obs: 65372 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 27.93
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique all: 6473 / Rsym value: 0.411 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NGY

3ngy


解像度: 1.8→28.621 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1989 3222 5.07 %RANDOM
Rwork0.1831 ---
all0.1839 63562 --
obs0.1839 63562 99.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.621 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3180 722 4 569 4475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8645656
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8851502
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82690.29621390.2562599X-RAY DIFFRACTION99
1.8269-1.85540.28111120.23942641X-RAY DIFFRACTION99
1.8554-1.88580.24191510.22552588X-RAY DIFFRACTION99
1.8858-1.91830.24721310.21942607X-RAY DIFFRACTION99
1.9183-1.95320.26541490.22182654X-RAY DIFFRACTION99
1.9532-1.99080.24371360.21562633X-RAY DIFFRACTION99
1.9908-2.03140.22531530.20572594X-RAY DIFFRACTION99
2.0314-2.07560.20081370.19762610X-RAY DIFFRACTION99
2.0756-2.12380.24881260.19612622X-RAY DIFFRACTION99
2.1238-2.17690.21461500.19262641X-RAY DIFFRACTION100
2.1769-2.23570.25971200.19522656X-RAY DIFFRACTION100
2.2357-2.30150.21991550.19162585X-RAY DIFFRACTION100
2.3015-2.37580.22051540.18992638X-RAY DIFFRACTION99
2.3758-2.46060.22321360.18972642X-RAY DIFFRACTION99
2.4606-2.55910.19831310.19392649X-RAY DIFFRACTION99
2.5591-2.67550.21931450.20112602X-RAY DIFFRACTION99
2.6755-2.81640.20891220.19712688X-RAY DIFFRACTION99
2.8164-2.99270.22441270.19292618X-RAY DIFFRACTION99
2.9927-3.22350.19721440.18352623X-RAY DIFFRACTION99
3.2235-3.54730.18121560.16452643X-RAY DIFFRACTION99
3.5473-4.05940.1511520.152628X-RAY DIFFRACTION99
4.0594-5.10970.14451560.1452632X-RAY DIFFRACTION99
5.1097-28.6250.1941400.18082547X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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