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- PDB-4jzj: Crystal Structure of Receptor-Fab Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jzj
タイトルCrystal Structure of Receptor-Fab Complex
要素
  • Fab Heavy ChainFragment antigen-binding
  • Fab Light ChainFragment antigen-binding
  • Interleukin-3 receptor subunit alpha
キーワードCYTOKINE RECEPTOR/IMMUNE SYSTEM / receptor-fab complex / CYTOKINE RECEPTOR-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-3 receptor activity / interleukin-3-mediated signaling pathway / cytokine receptor activity / cytokine binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Interleukin receptor SHC signaling / cytokine-mediated signaling pathway / RAF/MAP kinase cascade / receptor complex / external side of plasma membrane / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3850 / IL-3 receptor alpha chain, N-terminal / IL-3 receptor alpha chain N-terminal domain / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Fibronectin type III superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin-like - #3850 / IL-3 receptor alpha chain, N-terminal / IL-3 receptor alpha chain N-terminal domain / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Fibronectin type III superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-3 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.801 Å
データ登録者Broughton, S.E. / Parker, M.W.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Dual mechanism of interleukin-3 receptor blockade by an anti-cancer antibody
著者: Broughton, S.E. / Hercus, T.R. / Hardy, M.P. / McClure, B.J. / Nero, T.L. / Dottore, M. / Huynh, H. / Braley, H. / Barry, E.F. / Kan, W.L. / Dhagat, U. / Scotney, P. / Hartman, D. / Busfield, ...著者: Broughton, S.E. / Hercus, T.R. / Hardy, M.P. / McClure, B.J. / Nero, T.L. / Dottore, M. / Huynh, H. / Braley, H. / Barry, E.F. / Kan, W.L. / Dhagat, U. / Scotney, P. / Hartman, D. / Busfield, S.J. / Owczarek, C.M. / Nash, A.D. / Wilson, N.J. / Parker, M.W. / Lopez, A.F.
履歴
登録2013年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Interleukin-3 receptor subunit alpha
D: Interleukin-3 receptor subunit alpha
A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain
H: Fab Heavy Chain
L: Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,53013
ポリマ－162,3086
非ポリマー3,2227
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.300, 120.648, 92.968
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#1: タンパク質 Interleukin-3 receptor subunit alpha / / IL-3 receptor subunit alpha / IL-3R subunit alpha / IL-3R-alpha / IL-3RA


分子量: 33097.426 Da / 分子数: 2 / 断片: DOMAIN 2, DOMAIN 3, UNP residues 20-307 / 変異: Deletion R145, A298V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL3RA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P26951

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抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#2: 抗体 Fab Heavy Chain / Fragment antigen-binding


分子量: 23799.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: The Fab fragment was prepared by papain digestion of MAb and Protein A removal of undigested immunoglobulin and Fc fragment.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab Light Chain / Fragment antigen-binding


分子量: 24256.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: The Fab fragment was prepared by papain digestion of MAb and Protein A removal of undigested immunoglobulin and Fc fragment.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

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糖 , 4種, 5分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-3)][beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1203.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-3][LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-4-2/a3-b1_a4-c1_a6-g1_c4-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-3) ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-3)][beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 878.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-3][LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3-2/a3-b1_a4-c1_a6-e1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 513.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-2-3/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 41分子

#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THIS SEQUENCE IS A RESULT OF POLYMORPHIC VARIATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 22% PEG 3350, 200mM Sodium Malonate, 100mM Citrate Buffer, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 47603 / Num. obs: 47194 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.75 Å49.59 Å
Translation2.75 Å49.59 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER2.3.0位相決定
PHENIXdev_1218精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.801→49.675 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.96 / FOM work R set: 0.7957 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2444 2379 5.04 %RANDOM
Rwork0.1849 ---
obs0.1878 47185 99.12 %-
all-47191 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.29 Å2 / Biso mean: 50.3063 Å2 / Biso min: 10.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.801→49.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10719 0 214 39 10972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45615220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0871685
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.064161
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8012-2.85840.36771280.29342549267796
2.8584-2.92050.34791460.276726642810100
2.9205-2.98840.32921520.259326222774100
2.9884-3.06320.38841500.251326132763100
3.0632-3.1460.34521570.254826332790100
3.146-3.23850.28491260.24126562782100
3.2385-3.3430.30421380.229226302768100
3.343-3.46250.30541330.214726562789100
3.4625-3.60110.27881540.198826262780100
3.6011-3.76490.25391480.18822626277499
3.7649-3.96330.2491390.180826482787100
3.9633-4.21150.20981480.16772653280199
4.2115-4.53650.19081320.1422620275299
4.5365-4.99270.19081350.13222639277499
4.9927-5.71420.18321300.15022656278699
5.7142-7.19580.25371270.18762677280499
7.1958-49.68260.22191360.18162638277497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4690.94411.64161.56691.44462.8911-0.16510.97910.1014-0.06490.0632-0.40890.03140.8011-0.0150.26080.06970.17050.7175-0.00670.59165.524630.6333-32.4702
22.34810.90830.79373.1708-2.93627.2325-0.0053-0.17460.63450.166-0.1589-0.4496-0.08270.8150.18690.28250.0721-0.07310.3287-0.10090.757811.867539.0804-1.5771
32.95310.52880.09131.3977-0.12882.48720.19730.379-0.705-0.18330.1417-0.48210.53790.3438-0.09870.35350.13760.01850.2358-0.14320.5867-5.077512.6118-23.8501
42.40690.50690.13166.1522-0.8952.0814-0.0414-0.72130.58290.58730.0480.7176-0.3466-0.6062-0.06960.35050.2551-0.00750.6834-0.10020.582-3.401936.86954.9507
55.69260.6138-0.70212.77850.21558.63010.1414-0.1179-0.4868-0.0494-0.0607-0.00460.5068-0.1899-0.05770.2427-0.0504-0.00980.22010.01460.286765.30511.5029-9.6055
64.6380.63971.75173.06751.28093.0713-0.3265-0.25740.1987-0.12120.2013-0.1274-0.0778-0.07940.14230.29660.06770.01330.2763-0.05920.19167.041336.3649-27.3895
71.7823-2.24962.62013.5467-3.4474.6687-0.3725-0.40110.5221-0.33860.52111.0869-0.7591-0.68150.01470.8840.1425-0.33750.62050.04440.955143.288849.57-44.6499
84.26081.0993-0.95653.64831.7051.9654-0.11591.163-0.8068-0.5515-0.0152-0.21070.75720.86250.03790.7530.12520.1030.8705-0.20720.4031-9.567616.6503-52.5413
94.27910.20690.8330.9007-0.14128.0451-0.19150.2804-0.1239-0.32820.17780.082-0.0488-0.23390.09260.6672-0.0911-0.10230.2713-0.04950.3129-36.052226.4687-53.9123
105.49051.1943-2.97844.6936-0.22733.79490.0189-0.67450.13450.70240.15410.72490.5211-1.17870.02770.5053-0.02380.04940.90080.06530.4025-44.561624.6844-22.9009
114.19690.889-1.35151.9770.83114.0612-0.1907-0.2147-0.23510.3029-0.2713-0.07910.08070.34950.37620.4208-0.1396-0.06560.24520.12160.27650.485710.615111.799
124.14080.59030.16083.5154-0.21012.46580.2727-1.1669-0.46450.4686-0.2352-0.2751-0.2252-0.042-0.04520.4112-0.1006-0.06280.45070.03030.206319.16166.314327.6707
135.80482.4545-0.1543.51960.58774.259-0.34561.0468-0.6318-0.31860.2251-0.04010.21780.28060.12820.3226-0.04080.01360.5154-0.12840.365539.7511-0.6935-4.42
144.31-1.3595-1.24835.69582.47964.01060.1529-0.07480.04830.0257-0.14590.2874-0.3372-0.5241-0.02930.28340.01410.00420.38290.010.20299.110610.272415.2145
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:133)A1 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 141:221)A141 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND RESID 1:112)B1 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 113:219)B113 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN C AND RESID 25:97)C25 - 97
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN C AND RESID 98:211)C98 - 211
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN C AND RESID 212:289)C212 - 289
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN D AND RESID 25:100)D25 - 100
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN D AND RESID 101:205)D101 - 205
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN D AND RESID 206:290)D206 - 290
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN H AND RESID 1:120)H1 - 120
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN H AND RESID 121:221)H121 - 221
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN L AND RESID 1:113)L1 - 113
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN L AND RESID 114:219)L114 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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