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- PDB-4jym: crystal Structure of KAI2 in complex with 3-methyl-2H-furo[2,3-c]... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jym
タイトルcrystal Structure of KAI2 in complex with 3-methyl-2H-furo[2,3-c]pyran-2-one
要素Hydrolase, alpha/beta fold family protein加水分解酵素
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta-hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


de-etiolation / response to karrikin / 光形態形成 / hydrolase activity / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-methyl-2H-furo[2,3-c]pyran-2-one / Probable esterase KAI2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Guo, Y. / Zheng, Z. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Smoke-derived karrikin perception by the alpha/beta-hydrolase KAI2 from Arabidopsis.
著者: Guo, Y. / Zheng, Z. / La Clair, J.J. / Chory, J. / Noel, J.P.
履歴
登録2013年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22019年8月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_distant_solvent_atoms ...chem_comp / pdbx_distant_solvent_atoms / refine / reflns
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _refine.ls_number_reflns_obs / _reflns.number_all
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrolase, alpha/beta fold family protein
B: Hydrolase, alpha/beta fold family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9324
ポリマ－59,6322
非ポリマー3002
水11,530640
1
A: Hydrolase, alpha/beta fold family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9662
ポリマ－29,8161
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hydrolase, alpha/beta fold family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9662
ポリマ－29,8161
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.950, 53.200, 55.760
Angle α, β, γ (deg.)90.040, 90.040, 116.030
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Hydrolase, alpha/beta fold family protein / 加水分解酵素 / KAI2


分子量: 29815.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: F6G17.120, AT4g37470, At4g37470, AT4G37470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SZU7
#2: 化合物 ChemComp-KKN / 3-methyl-2H-furo[2,3-c]pyran-2-one / Karrikin KAR1 / 3-メチル-2H-フロ[2,3-c]ピラン-2-オン


分子量: 150.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22% (w/v) polyethylene glycol 8000, 0.1 M Na+-PIPES (pH 6.5), 0.3 M NaBr and 2 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月28日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→26.487 Å / Num. obs: 99300 / % possible obs: 85.9 % / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.35-1.421.10.4131.4931986660.41351.3
1.42-1.511.40.562117824129320.56280.7
1.51-1.611.80.3581.424291134980.35890.2
1.61-1.741.90.2272.324581129700.22792.6
1.74-1.912.20.2232.126736120440.22393.7
1.91-2.1330.216232642110390.21694.8
2.13-2.463.60.1553.43544397490.15595.6
2.46-3.023.50.1135.42938083760.11396.4
3.02-4.273.70.096.22376864690.0996.8
4.27-26.4873.80.0776.31365135570.07797.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7 Å26.49 Å
Translation7 Å26.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BOSデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WOM

1wom


解像度: 1.35→26.487 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.8494 / SU ML: 0.16 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2161 4974 5.01 %random
Rwork0.1818 ---
obs0.1835 99269 85.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.07 Å2 / Biso mean: 20.2649 Å2 / Biso min: 4.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→26.487 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4148 0 22 640 4810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0555908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075674
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0131552
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.35-1.36540.3362950.31091767186249
1.3654-1.38140.31161030.32371807191049
1.3814-1.39830.3429940.30171998209254
1.3983-1.4160.31471110.29451858196952
1.416-1.43460.31291030.28962236233961
1.4346-1.45420.31171730.31223090326383
1.4542-1.4750.30991740.29843022319684
1.475-1.4970.28771370.2753026316382
1.497-1.52040.33111840.2623040322484
1.5204-1.54530.29521860.25263229341588
1.5453-1.5720.28891700.22073382355292
1.572-1.60060.24431730.20773358353192
1.6006-1.63140.28461730.20353398357192
1.6314-1.66460.23071890.19343347353693
1.6646-1.70080.24011520.19623409356193
1.7008-1.74040.24381940.19593408360293
1.7404-1.78390.22021800.18943418359893
1.7839-1.83210.24731710.18143441361294
1.8321-1.8860.22121920.18083430362294
1.886-1.94690.22641630.18943411357494
1.9469-2.01650.18281840.16683489367394
2.0165-2.09720.19281770.16883469364695
2.0972-2.19260.16791900.15413490368095
2.1926-2.30810.22041800.16643528370895
2.3081-2.45260.17481850.16233495368096
2.4526-2.64180.20181920.17013496368896
2.6418-2.90740.23411910.1793541373296
2.9074-3.32740.20811910.16513491368297
3.3274-4.18950.16291700.14593577374797
4.1895-26.49170.18411970.15183573377098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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