+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jpm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of SHV-1 beta-lactamase in complex with the 7-alkylidenecephalosporin DCM-1-10 at 1.14 Ang resolution | ||||||
要素 | Beta-lactamase SHV-1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CLASS A BETA-LACTAMASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å | ||||||
データ登録者 | Rodkey, E.A. / van den Akker, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013 タイトル: beta-Lactamase Inhibition by 7-Alkylidenecephalosporin Sulfones: Allylic Transposition and Formation of an Unprecedented Stabilized Acyl-Enzyme. 著者: Rodkey, E.A. / McLeod, D.C. / Bethel, C.R. / Smith, K.M. / Xu, Y. / Chai, W. / Che, T. / Carey, P.R. / Bonomo, R.A. / van den Akker, F. / Buynak, J.D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jpm.cif.gz | 139.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4jpm.ent.gz | 107.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jpm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/4jpm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/4jpm | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1shvS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31259.988 Da / 分子数: 1 / 断片: SVH-1 beta-lactamase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla, shv1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AD64, Β-ラクタマーゼ | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-1OG / | #4: 化合物 | ChemComp-EPE / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.98 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 21-30% PEG 6000, 0.1M HEPES buffer, 0.56mM Cymal-6, pH 6.8-7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K PH範囲: 6.8-7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: Monochr. / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.14→24.41 Å / Num. all: 79862 / Num. obs: 76013 / % possible obs: 95.18 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.14→1.18 Å / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.351 / % possible all: 77.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1SHV 解像度: 1.14→24.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.018 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.605 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.14→24.41 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.142→1.172 Å / Total num. of bins used: 20
|