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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4iru | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of lepB GAP core in a transition state mimetic complex with Rab1A and ALF3 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE / Arginine finger / Glutamate finger / P-loop motif / Nucleotide binding (ヌクレオチド) / Intrinsic GTPase activity / GTP hydrolysis / GTP hydrolysis activator / GTPase activating protein (GAP) / Protein transport / HYDROLASE-HYDROLASE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / melanosome transport / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / melanosome transport / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / virion assembly / transport vesicle membrane / Golgi organization / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / 細胞内膜系 / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / substrate adhesion-dependent cell spreading / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / positive regulation of interleukin-8 production / intracellular protein transport / オートファジー / エンドサイトーシス / メラノソーム / 遊走 / エンドソーム / defense response to bacterium / cadherin binding / ゴルジ体 / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / 小胞体 / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Mishra, A.K. / Delcampo, C.M. / Collins, R.E. / Roy, C.R. / Lambright, D.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: The Legionella pneumophila GTPase Activating Protein LepB Accelerates Rab1 Deactivation by a Non-canonical Hydrolytic Mechanism. 著者: Mishra, A.K. / Del Campo, C.M. / Collins, R.E. / Roy, C.R. / Lambright, D.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4iru.cif.gz | 289.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4iru.ent.gz | 243.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4iru.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/4iru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/4iru | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 33916.312 Da / 分子数: 3 / 断片: LepB GAP domain, catalytic core / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lepB, lpg2490 / プラスミド: pET28b (modified) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q5ZSM7, 低分子量GTPアーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 21175.166 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1, RAB1A / プラスミド: pET15b (modified) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: P62820, 低分子量GTPアーゼ |
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-非ポリマー , 7種, 69分子
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-K / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.47 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 12% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.2M potassium acetate, 0.002M aluminium chloride, 0.02M sodium fluoride, 0.01M 2-mercaptoethanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791, 0.9639 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月6日 / 詳細: Mirrors | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator with horizontal focusing プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 30171 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.54 / Net I/σ(I): 3.8 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.283 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→43.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 25.04 / SU ML: 0.433 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.577 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.798 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→43.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
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