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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ihn | ||||||
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タイトル | High Resolution Insulin by Langmuir-Blodgett Modified Hanging Drop Vapour Diffusion | ||||||
要素 |
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キーワード | HORMONE (ホルモン) / Optimal Crystallization / Langmuir-Blodgett / Thin-Films | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 estradiol secretion / negative regulation of lactation / positive regulation of blood circulation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of appetite / response to butyrate ...estradiol secretion / negative regulation of lactation / positive regulation of blood circulation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of appetite / response to butyrate / feeding behavior / response to growth hormone / response to food / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of peptide hormone secretion / protein secretion / response to glucose / negative regulation of lipid catabolic process / response to nutrient levels / positive regulation of protein secretion / insulin receptor binding / hormone activity / positive regulation of insulin secretion / glucose metabolic process / glucose homeostasis / response to heat / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å | ||||||
データ登録者 | Belmonte, L. / Pechkova, E. / Bragazzi, N. / Nicolini, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: A Review Of The Strategies For Obtaining High Quality Crystals Utilizing Nanotechnologies And Space 著者: Pechkova, E. / Bragazzi, N. / Bozdaganyan, M. / Belmonte, L.M. / Nicolini, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ihn.cif.gz | 19.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ihn.ent.gz | 15.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ihn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/4ihn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/4ihn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2339.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P01317 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3403.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P01317 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.73 % / Mosaicity: 0.14 ° |
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9395 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.158→55.395 Å / Num. all: 26153 / Num. obs: 26153 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 8.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.16→55.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / WRfactor Rfree: 0.3069 / WRfactor Rwork: 0.2816 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8305 / SU B: 0.559 / SU ML: 0.027 / SU R Cruickshank DPI: 0.041 / SU Rfree: 0.0439 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 53.03 Å2 / Biso mean: 17.7987 Å2 / Biso min: 6.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.16→55.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.158→1.188 Å / Total num. of bins used: 20
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