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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4igu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the RGS domain of CG5036 | ||||||
要素 | CG5036 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING / GTPASE-ACTIVATING PROTEINS (GAP) / REGULATOR OF GZ-SELECTIVE PROTEIN SIGNALING 2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 G alpha (z) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / GDP-dissociation inhibitor activity / G-protein alpha-subunit binding / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Gabdulkhakov, A. / Tishchenko, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014 タイトル: Double suppression of the G alpha protein activity by RGS proteins 著者: Lin, C. / Koval, A. / Tishchenko, S. / Gabdulkhakov, A. / Tin, U. / Solis, G.P. / Katanaev, V.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4igu.cif.gz | 75.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4igu.ent.gz | 55.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4igu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/4igu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/4igu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1zv4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17547.889 Da / 分子数: 2 / 断片: RGC domain, UNP residues 130-257 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG5036, Dmel_CG5036, EG:52C10.2 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15(pREP4) / 参照: UniProt: Q8T017 #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% Jeffamine ED-2001, 0.1M HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月14日 |
放射 | モノクロメーター: Montel 200 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 45976 / Num. obs: 45971 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ZV4 解像度: 1.9→27.046 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.046 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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