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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ieb | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Gly128Met mutant of the toxoplasma CDPK, TGME49_101440 | ||||||
要素 | Calmodulin-domain protein kinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / cdpks / toxoplasma (トキソプラズマ) / kinase (キナーゼ) / protist (原生生物) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 リン酸化 / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Wernimont, A.K. / Artz, J.D. / El Bakkouri, M. / Schapira, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Hui, R. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of a Gly128Met mutant of the toxoplasma CDPK, TGME49_101440 著者: Wernimont, A.K. / Artz, J.D. / El Bakkouri, M. / Schapira, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Hui, R. / Amani, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ieb.cif.gz | 204.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ieb.ent.gz | 168.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ieb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/4ieb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/4ieb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58478.352 Da / 分子数: 1 / 変異: G128M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: CDPK1, TGGT1_059880, TGME49_101440, TGVEG_042030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-ANP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 14% PEG3350, 0.3 M MgAcetate, 0.1 M Glycine pH 9.5, 5 mM CaCl2, 2 mM MgCl2, 5 mM AMPPNP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97935 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 32213 / Num. obs: 31956 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.383 / Net I/σ(I): 12.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 36.57 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→48.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.2151 / WRfactor Rwork: 0.1722 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8523 / SU B: 8.072 / SU ML: 0.114 / SU R Cruickshank DPI: 0.2011 / SU Rfree: 0.1679 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.9 Å2 / Biso mean: 27.759 Å2 / Biso min: 6.69 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 20.995 Å / Origin y: -0.9 Å / Origin z: -6.9889 Å
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精密化 TLSグループ |
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