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万見
- PDB-4hzs: Crystal structure of Ack1 kinase domain with C-terminal SH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hzs
タイトルCrystal structure of Ack1 kinase domain with C-terminal SH3 domain
要素Activated CDC42 kinase 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / inactive state / allostery (アロステリック効果) / dimerization / oligomerization (オリゴマー) / negative regulation / activation (活性化) / phosphotransfer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin-dependent endocytosis / cytoophidium / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / WW domain binding / クラスリン / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / クラスリン / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / cytoophidium / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / WW domain binding / クラスリン / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / クラスリン / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 接着結合 / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / エンドサイトーシス / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / エンドソーム / リン酸化 / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / : / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily ...Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / : / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Activated CDC42 kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Gajiwala, K.S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Ack1: activation and regulation by allostery.
著者: Gajiwala, K.S. / Maegley, K. / Ferre, R. / He, Y.A. / Yu, X.
履歴
登録2012年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activated CDC42 kinase 1
B: Activated CDC42 kinase 1
C: Activated CDC42 kinase 1
D: Activated CDC42 kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,4464
ポリマ－155,4464
非ポリマー00
水0
1
A: Activated CDC42 kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8621
ポリマ－38,8621
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Activated CDC42 kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8621
ポリマ－38,8621
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Activated CDC42 kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8621
ポリマ－38,8621
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Activated CDC42 kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8621
ポリマ－38,8621
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.463, 145.463, 103.745
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

#1: タンパク質
Activated CDC42 kinase 1 / Ack1 / ACK-1 / Tyrosine kinase non-receptor protein 2


分子量: 38861.527 Da / 分子数: 4
断片: protein kinase and SH3 domains (UNP residues 115-453)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNK2, ACK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.16 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.6, 22-24% PEG3350, 10-20 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月8日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.23→73.04 Å / Num. all: 34878 / Num. obs: 34878 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3.23→3.4 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4895 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
JDirectorデータ収集
CNX精密化
autoPROCデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.23→73.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2252595.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1717 4.9 %RANDOM
Rwork0.246 ---
all0.247 34753 --
obs0.247 34753 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 17.8734 Å2 / ksol: 0.305827 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.69 Å20 Å20 Å2
2--3.69 Å20 Å2
3----7.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.23→73.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10196 0 0 0 10196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.872.5
Refine LS restraints NCSWeight Biso : 2 / Weight position: 300
LS精密化 シェル解像度: 3.23→3.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 259 4.6 %
Rwork0.326 5388 -
obs--97.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paraprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paradna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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