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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hfl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the type VI effector Tae4 from Enterobacter cloacae | ||||||
要素 | Putative cytoplasmic protein細胞質 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / amidase (アミダーゼ) | ||||||
機能・相同性 | endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) - #70 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / Putative cytoplasmic protein / Putative cytoplasmic protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterobacter cloacae (エンテロバクター・クロアカ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: Structure of the type VI effector-immunity complex (Tae4-Tai4) provides novel insights into the inhibition mechanism of the effector by its immunity protein. 著者: Zhang, H. / Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Wang, W.J. / Liu, G.F. / Xu, J.H. / Su, X.D. / Dong, Y.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hfl.cif.gz | 80 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hfl.ent.gz | 59.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hfl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/4hfl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/4hfl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19165.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (エンテロバクター・クロアカ) 株: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56 / 遺伝子: ECL_01542 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5C6F6, UniProt: A0A0H3CIJ2*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.5M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate tribasic dehydrate pH5.6, 1.0M Lithium sulfate monohydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 12215 / Num. obs: 12215 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 44.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Mean I/σ(I) obs: 11.1 / Num. unique all: 593 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4HFF 解像度: 2.002→23.29 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.74 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.544 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.002→23.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.2922 Å / Origin y: -33.864 Å / Origin z: 3.2202 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |