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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h10 | ||||||
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タイトル | Intermolecular recognition revealed by the complex structure of human CLOCK-BMAL1 basic Helix-Loop-Helix domains with E-box DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / bHLH (塩基性ヘリックスループヘリックス) / circadian transcription / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 光周性 / CLOCK-BMAL transcription complex / positive regulation of skeletal muscle cell differentiation / regulation of hair cycle / positive regulation of protein acetylation / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / maternal process involved in parturition / regulation of type B pancreatic cell development / bHLH transcription factor binding / regulation of cellular senescence ...光周性 / CLOCK-BMAL transcription complex / positive regulation of skeletal muscle cell differentiation / regulation of hair cycle / positive regulation of protein acetylation / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / maternal process involved in parturition / regulation of type B pancreatic cell development / bHLH transcription factor binding / regulation of cellular senescence / chromatoid body / chromatin => GO:0000785 / negative regulation of TOR signaling / positive regulation of circadian rhythm / oxidative stress-induced premature senescence / negative regulation of cold-induced thermogenesis / response to redox state / negative regulation of fat cell differentiation / protein acetylation / regulation of protein catabolic process / E-box binding / regulation of insulin secretion / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of neurogenesis / histone acetyltransferase activity / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / regulation of circadian rhythm / Hsp90 protein binding / PML body / PPARA activates gene expression / chromatin DNA binding / positive regulation of inflammatory response / protein import into nucleus / 概日リズム / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Circadian Clock / sequence-specific double-stranded DNA binding / 染色体 / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / HATs acetylate histones / 精子形成 / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Z. / Su, X.-D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013 タイトル: Intermolecular recognition revealed by the complex structure of human CLOCK-BMAL1 basic helix-loop-helix domains with E-box DNA. 著者: Wang, Z. / Wu, Y. / Li, L. / Su, X.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4h10.cif.gz | 98.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4h10.ent.gz | 73.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4h10.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/4h10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/4h10 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8693.161 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 66-128 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARNTL, BHLHE5, BMAL1, MOP3, PASD3 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O00327 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8535.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLOCK, BHLHE8, KIAA0334 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: O15516, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ |
#3: DNA鎖 | 分子量: 4588.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized single-strand DNA |
#4: DNA鎖 | 分子量: 4591.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized single-strand DNA |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.29 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 20% (w/v) PEG 3350 and 0.2 M magnesium formate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→38.8 Å / Num. all: 14060 / Num. obs: 14045 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.8 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 33.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.402→38.8 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.14 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.974 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.402→38.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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