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- PDB-4gx9: Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gx9
タイトルCrystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera
要素DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alphaDNA polymerase III holoenzyme
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / DNA polymerase III / polIII epsilon / polIII alpha / DnaQ / DnaE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III, core complex / DNA replication proofreading / DNA polymerase III complex / lagging strand elongation / replisome / exonuclease activity / leading strand elongation / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNAポリメラーゼ ...DNA polymerase III, core complex / DNA replication proofreading / DNA polymerase III complex / lagging strand elongation / replisome / exonuclease activity / leading strand elongation / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / : / DNA polymerase III subunit alpha, C-terminal domain / DNA polymerase 3, epsilon subunit / DNA polymerase III epsilon subunit, exonuclease domain / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain ...: / : / DNA polymerase III subunit alpha, C-terminal domain / DNA polymerase 3, epsilon subunit / DNA polymerase III epsilon subunit, exonuclease domain / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / エキソヌクレアーゼ / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Metal-dependent hydrolases / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase III subunit epsilon / DNA polymerase III subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Li, N. / Horan, N. / Xu, Z.-Q. / Jacques, D. / Dixon, N.E. / Oakley, A.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Proofreading exonuclease on a tether: the complex between the E. coli DNA polymerase III subunits alpha, {varepsilon}, theta and beta reveals a highly flexible arrangement of the proofreading domain
著者: Ozawa, K. / Horan, N.P. / Robinson, A. / Yagi, H. / Hill, F.R. / Jergic, S. / Xu, Z.Q. / Loscha, K.V. / Li, N. / Tehei, M. / Oakley, A.J. / Otting, G. / Huber, T. / Dixon, N.E.
履歴
登録2012年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Database references
改定 1.22013年6月26日Group: Database references
改定 1.32017年6月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn_detector / entity ...diffrn_detector / entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn_detector.detector / _entity.pdbx_description ..._diffrn_detector.detector / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_fragment / _entity.pdbx_mutation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha
B: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha
C: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha
D: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,7864
ポリマ－142,7864
非ポリマー00
水4,990277
1
A: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6971
ポリマ－35,6971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6971
ポリマ－35,6971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6971
ポリマ－35,6971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6971
ポリマ－35,6971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.017, 56.980, 135.073
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUTHRTHRAA5 - 3714 - 46
21LEULEUTHRTHRBB5 - 3714 - 46
31LEULEUTHRTHRCC5 - 3714 - 46
41LEULEUTHRTHRDD5 - 3714 - 46
12GLUGLUALAALAAA48 - 25757 - 266
22GLUGLUALAALABB48 - 25757 - 266
32GLUGLUALAALACC48 - 25757 - 266
42GLUGLUALAALADD48 - 25757 - 266
13TYRTYRTHRTHRAA279 - 315288 - 324
23TYRTYRTHRTHRBB279 - 315288 - 324
33TYRTYRTHRTHRCC279 - 315288 - 324
43TYRTYRTHRTHRDD279 - 315288 - 324

-
要素

#1: タンパク質
DNA polymerase III subunit epsilon,DNA polymerase III subunit alpha / DNA polymerase III holoenzyme


分子量: 35696.512 Da / 分子数: 4
断片: polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 200-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
変異: L66P,L66P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
遺伝子: dnaQ, mutD, b0215, JW0205, dnaE, polC, b0184, JW0179
プラスミド: pETMCS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 P lysS
参照: UniProt: P03007, UniProt: P10443, DNAポリメラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月1日 / 詳細: beamline optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 67257 / Num. obs: 67257 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 10.41
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3361

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HNH

2hnh


解像度: 2.15→35.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 16.553 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29079 3384 5 %RANDOM
Rwork0.2262 ---
all0.22948 67126 --
obs0.22948 67126 96.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.248 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.45 Å20 Å21.09 Å2
2--0.63 Å2-0 Å2
3----2.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→35.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9700 0 0 277 9977
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02210008
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7451.96813593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.61351295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.8523.433469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.169151676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2541588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5041.56287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.475210085
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.55333721
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.2724.53484
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2151 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.250.5
Bmedium positional0.230.5
Cmedium positional0.230.5
Dmedium positional0.250.5
Amedium thermal1.62
Bmedium thermal1.512
Cmedium thermal1.52
Dmedium thermal1.552
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.204 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 247 -
Rwork0.278 4593 -
obs--95.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8825-0.1515-0.40081.46750.1082.31260.0798-0.12260.11840.0924-0.0320.0148-0.0839-0.0062-0.04780.0246-0.0125-0.01930.0120.00380.0669-2.75064.5071-52.0334
22.33990.34070.19061.26510.31452.7640.01650.0876-0.0299-0.11810.0453-0.09940.01240.0616-0.06180.0266-0.00290.0050.05190.00240.0882-7.424922.9343-15.4472
32.40610.39460.12551.2070.4472.98980.04430.0953-0.0295-0.0497-0.0002-0.06210.0442-0.0411-0.04410.0144-0.0054-0.01430.03710.01130.056334.29527.4534-15.6573
42.4395-0.3629-0.53131.3510.21952.28660.0647-0.15930.09880.0849-0.0235-0.0473-0.10990.1006-0.04120.0331-0.0236-0.02150.0254-0.00270.075738.6351-10.5878-52.1532
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 315
2X-RAY DIFFRACTION2B-5 - 315
3X-RAY DIFFRACTION3C-5 - 315
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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