+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fxs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae complexed with IMP and mycophenolic acid | ||||||
要素 | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / structural genomics (構造ゲノミクス) / IMPDH / IMP / mycophenolic acid (ミコフェノール酸) / MOA / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IMP dehydrogenase activity / IMPデヒドロゲナーゼ / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å | ||||||
データ登録者 | Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Jedrzejczak, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae complexed with IMP and mycophenolic acid. 著者: Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Jedrzejczak, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fxs.cif.gz | 192.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4fxs.ent.gz | 161.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fxs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/4fxs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/4fxs | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53612.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: VC0767, VC_0767 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KTW3, IMPデヒドロゲナーゼ |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-IMP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MOA / |
#4: 化合物 | ChemComp-K / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.46 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1 M sodium/potassium phosphate, 0.01 M IMP, 0.01 M mycophenolic acid, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月4日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.24→30.6 Å / Num. all: 29245 / Num. obs: 29245 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.7 % / Biso Wilson estimate: 56.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 2.23 / Net I/σ(I): 11.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.24→30.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.555 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES: WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 185.8 Å2 / Biso mean: 67.5131 Å2 / Biso min: 26.18 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.24→30.7 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.239→2.297 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.2062 Å / Origin y: 33.8535 Å / Origin z: 22.1812 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|