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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fmd | ||||||
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タイトル | EspG-Rab1 complex structure at 3.05 A | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / alpha-beta fold / Rab1-GAP / Rab1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / melanosome transport / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / melanosome transport / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / virion assembly / transport vesicle membrane / Golgi organization / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / 細胞内膜系 / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / substrate adhesion-dependent cell spreading / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / positive regulation of interleukin-8 production / intracellular protein transport / オートファジー / エンドサイトーシス / メラノソーム / 遊走 / エンドソーム / defense response to bacterium / cadherin binding / cysteine-type endopeptidase activity / ゴルジ体 / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / 小胞体 / タンパク質分解 / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å | ||||||
データ登録者 | Shao, F. / Zhu, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012 タイトル: Structurally Distinct Bacterial TBC-like GAPs Link Arf GTPase to Rab1 Inactivation to Counteract Host Defenses. 著者: Dong, N. / Zhu, Y. / Lu, Q. / Hu, L. / Zheng, Y. / Shao, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fmd.cif.gz | 626.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fmd.ent.gz | 521.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fmd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/4fmd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/4fmd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ACE
#1: タンパク質 | 分子量: 38903.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157 / 遺伝子: espG / プラスミド: pGEX-6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5WMC0, UniProt: Q7DB50*PLUS |
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-Ras-related protein Rab- ... , 2種, 3分子 BDF
#2: タンパク質 | 分子量: 19477.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1, RAB1A / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62820 #3: タンパク質 | | 分子量: 18549.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1, RAB1A / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62820 |
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-非ポリマー , 6種, 19分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-PGE / | #8: 化合物 | ChemComp-PEG / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | RESIDUES WERE CONFIRMED BY GENE SEQUENCING |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 7 詳細: 20% PEG3350, 0.1 M trisodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97923 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月12日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97923 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 36189 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.05→3.1 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.781 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 51.765 / SU ML: 0.412 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.493 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 101.82 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.05→3.13 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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