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- PDB-4fl9: Crystal Structure of bovine hsc70(aa1-554)E213A/D214A at 1.9A Res... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fl9
タイトルCrystal Structure of bovine hsc70(aa1-554)E213A/D214A at 1.9A Resolution
要素Heat shock cognate 71 kDa protein
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / heat shock protein (熱ショックタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase / HSF1-dependent transactivation / Protein methylation / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / PKR-mediated signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / synaptic vesicle uncoating / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / chaperone-mediated autophagy translocation complex disassembly ...Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase / HSF1-dependent transactivation / Protein methylation / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / PKR-mediated signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / synaptic vesicle uncoating / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / chaperone-mediated autophagy translocation complex disassembly / slow axonal transport / clathrin-uncoating ATPase activity / protein targeting to lysosome involved in chaperone-mediated autophagy / late endosomal microautophagy / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / clathrin coat disassembly / Clathrin-mediated endocytosis / Prp19 complex / presynaptic cytosol / Neutrophil degranulation / postsynaptic cytosol / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / chaperone cofactor-dependent protein refolding / オートファゴソーム / protein folding chaperone / heat shock protein binding / RNA splicing / ATP-dependent protein folding chaperone / spliceosomal complex / terminal bouton / 転写後修飾 / メラノソーム / protein-macromolecule adaptor activity / protein refolding / リソソーム / ribonucleoprotein complex / lysosomal membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / 樹状突起 / 核小体 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Defensin A-like - #30 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Defensin A-like / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family ...Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Defensin A-like - #30 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Defensin A-like / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / トリメチルアミン-N-オキシド / Heat shock cognate 71 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Grimm, C.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of bovine hsc70(aa1-554)E213A/D214A at 1.9A Resolution
著者: Grimm, C.
履歴
登録2012年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock cognate 71 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2834
ポリマ－60,9791
非ポリマー3043
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.255, 50.380, 86.638
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Heat shock cognate 71 kDa protein / Heat shock 70 kDa protein 8


分子量: 60978.867 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-554 / 変異: E213A, D214A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: HSPA8, HSC70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19120
#2: 化合物 ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド / トリメチルアミン-N-オキシド


分子量: 75.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT / ジチオトレイトール


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: PEG8000,TRIMETHYL AMINE OXIDE , pH 7.5, Microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 44720 / Num. obs: 44250 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.46 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique all: 7204 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.901→38.85 Å / SU ML: 0.66 / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 24.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 4097 5.03 %
Rwork0.1921 --
obs0.1941 44248 93.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.949 Å2 / ksol: 0.393 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5671 Å2-0 Å2-3.8961 Å2
2---2.204 Å2-0 Å2
3----3.3632 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→38.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4161 0 18 369 4548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084288
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3195803
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8391623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085668
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007760
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.901-1.92330.41141250.34742115X-RAY DIFFRACTION73
1.9233-1.94680.34161040.31892307X-RAY DIFFRACTION81
1.9468-1.97140.33321250.30172499X-RAY DIFFRACTION88
1.9714-1.99740.33661420.2752631X-RAY DIFFRACTION91
1.9974-2.02470.34431550.27132629X-RAY DIFFRACTION93
2.0247-2.05370.34671310.242616X-RAY DIFFRACTION94
2.0537-2.08430.2521480.21982740X-RAY DIFFRACTION93
2.0843-2.11690.22251190.21142602X-RAY DIFFRACTION93
2.1169-2.15160.26071280.22182706X-RAY DIFFRACTION94
2.1516-2.18870.28511330.22592700X-RAY DIFFRACTION93
2.1887-2.22850.25891390.21362652X-RAY DIFFRACTION95
2.2285-2.27130.26441330.20072708X-RAY DIFFRACTION94
2.2713-2.31770.30811290.21452688X-RAY DIFFRACTION95
2.3177-2.36810.26041220.20882760X-RAY DIFFRACTION95
2.3681-2.42320.26021360.19262658X-RAY DIFFRACTION95
2.4232-2.48370.24671730.20072657X-RAY DIFFRACTION96
2.4837-2.55090.26181530.19522758X-RAY DIFFRACTION95
2.5509-2.62590.28541730.19432698X-RAY DIFFRACTION96
2.6259-2.71070.2851420.19152710X-RAY DIFFRACTION96
2.7107-2.80750.25051570.17982721X-RAY DIFFRACTION95
2.8075-2.91990.24311540.18252704X-RAY DIFFRACTION96
2.9199-3.05270.23931430.17832744X-RAY DIFFRACTION96
3.0527-3.21360.2081330.1872799X-RAY DIFFRACTION96
3.2136-3.41480.20441440.1872701X-RAY DIFFRACTION96
3.4148-3.67830.19881810.1842750X-RAY DIFFRACTION97
3.6783-4.04810.18681440.16032770X-RAY DIFFRACTION97
4.0481-4.63310.16471540.13632762X-RAY DIFFRACTION97
4.6331-5.8340.19521520.16632800X-RAY DIFFRACTION98
5.834-38.85830.18571250.18192813X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4081-0.49440.14052.3318-0.76932.14240.0912-0.1493-0.0766-0.0904-0.03040.05310.20490.0053-0.03610.1056-0.0217-0.01380.0916-0.00980.1209-14.7401-19.5365-6.4427
21.96460.153-0.35960.613-0.11380.86030.04310.08580.0727-0.1032-0.06040.0447-0.04640.07850.01360.1859-0.0289-0.00930.1280.00140.0996-5.7404-9.5156-22.1582
33.1213-0.69183.0637-0.0318-0.04862.2523-0.07990.13120.1461-0.0867-0.0544-0.0358-0.20140.20490.12410.2083-0.07770.02870.24810.05340.1809-43.9-3.4096-36.2231
42.779-0.39962.14111.5297-1.2152.7188-0.0828-0.0973-0.10990.1980.0594-0.1088-0.0501-0.06970.04850.20330.00410.08060.1762-0.00620.1621-45.9684-4.7046-35.8235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 4:151)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 152:367)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 368:473)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 474:553)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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