+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f6i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Oxy Structure of His100Trp Cerebratulus lacteus mini-hemoglobin | ||||||
要素 | Neural hemoglobin | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT (血液) / oxygen-storage / apolar tunnel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cerebratulus lacteus (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.56 Å | ||||||
データ登録者 | Soman, J. / Salter, M.D. / Olson, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Oxy Structure of His100Trp Cerebratulus lacteus mini-hemoglobin 著者: Soman, J. / Salter, M.D. / Olson, J.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4f6i.cif.gz | 60 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4f6i.ent.gz | 42.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4f6i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/4f6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/4f6i | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | biological unit is the same as asym. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11595.012 Da / 分子数: 1 / 変異: His100Trp / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cerebratulus lacteus (無脊椎動物) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O76242 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-OXY / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / pH: 5.4 詳細: Protein crystallized from 2.5 mM Ammonium Sulfate and 0.1M sodium Citrate, pH 5.4, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5412 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5412 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.56→26.98 Å / Num. obs: 15356 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 11.1 / Scaling rejects: 280 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.56→26.974 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8573 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.68 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.133 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 60.33 Å2 / Biso mean: 26.3021 Å2 / Biso min: 13.11 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.56→26.974 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 30.6777 Å / Origin y: 35.6002 Å / Origin z: 10.7518 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|