PDB-4ezp: Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ezp

タイトル

Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK in complex with A3-APO(residues 1 to 20)

要素

APO-monomer
Chaperone protein DnaKシャペロン

キーワード

CHAPERONE/PEPTIDE BINDING PROTEIN /

chaperone (シャペロン) / CHAPERONE-PEPTIDE BINDING PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / protein folding chaperone /

封入体 /

heat shock protein binding /

ADP binding / ATP-dependent protein folding chaperone ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / PDB ENTRY 3DPO / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Zahn, M. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Studies on the Forward and Reverse Binding Modes of Peptides to the Chaperone DnaK.
著者: Zahn, M. / Berthold, N. / Kieslich, B. / Knappe, D. / Hoffmann, R. / Strater, N.

履歴

登録	2012年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ezp.cif.gz	189.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ezp.ent.gz	152.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ezp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eznC 4ezoC 4ezqC 4ezrC 4eztC 4ezwC 4ezxC 4ezyC 4ezzC 4f00C 4f01C 4hy9C 4hybC 1dkx 1dky 1dkz 3dpo 3dpp 3dpq 3qnj 4e81 4ezs 4ezu 4ezv C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4unb-3 4unb-2 4un8-2 5a0w-1 5o6i-2 5akn-2 4d6o-3 2vs7-1 4d6n-2 5o6g-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Chaperone protein DnaK

B: Chaperone protein DnaK

C: APO-monomer

D: APO-monomer

ヘテロ分子

53 kDa, 4 ポリマー
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1

B: Chaperone protein DnaK

D: APO-monomer

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.4 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Chaperone protein DnaK

C: APO-monomer

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Chaperone protein DnaK

D: APO-monomer

ヘテロ分子

A: Chaperone protein DnaK

C: APO-monomer

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: Chaperone protein DnaK

ヘテロ分子

A: Chaperone protein DnaK

C: APO-monomer

D: APO-monomer

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.681, 160.924, 44.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-469- MET

#1: タンパク質	Chaperone protein DnaK / シャペロン / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70 分子量: 23820.777 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 389-607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0014, dnaK, groP, grpF, JW0013, seg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Y8
#2: タンパク質・ペプチド	APO-monomer タイプ: Polypeptideペプチド / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 2511.048 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 参照: APO-monomer
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月4日
放射	モノクロメーター: Si - 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→19.8 Å / Num. obs: 65834 / % possible obs: 96 % / R_merge(I) obs: 0.045
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / R_merge(I) obs: 0.479 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
REFMAC	with 3DPO	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC	with 3DPO	位相決定

精密化

構造決定の手法: PDB ENTRY 3DPO / 解像度: 1.65→19.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 4.208 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24212	1342	2 %	RANDOM
R_work	0.2034	-	-	-
obs	0.2042	64288	95.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.288 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3427	0	15	366	3808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.02	3520
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.952	1.985	4762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.134	5	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.569	26.226	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.633	15	672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.253	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	101	-
R_work	0.325	4517	-
obs	-	-	99.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0046	-0.1257	-0.2509	0.1505	0.0769	0.1617	-0.0247	0.0272	0.0979	-0.0103	0.025	0.0101	0.0034	-0.0513	-0.0003	0.083	-0.0001	0.0038	0.1123	-0.0173	0.0955	-32.9712	37.2317	-21.5653
2	2.7677	1.2166	-0.9678	0.9821	-0.5583	0.815	0.034	-0.021	0.1374	-0.0016	0.0604	0.1633	0.0747	-0.059	-0.0945	0.0766	-0.0244	0.0067	0.1007	-0.0031	0.1468	-36.6092	22.1742	-14.7816
3	7.1682	0.979	-1.3042	1.7459	-0.7831	1.8388	0.1914	-0.611	0.3593	0.2781	-0.0095	0.3646	0.0934	-0.1701	-0.1819	0.1547	-0.1092	0.0789	0.2716	-0.0113	0.2476	-53.6538	16.3487	-2.54
4	0.3965	-0.2571	-0.2056	0.9437	0.4691	0.432	0.0201	-0.0765	-0.0512	-0.0472	0.027	-0.0996	-0.0172	0.0369	-0.047	0.0919	-0.0187	-0.002	0.0905	-0.0053	0.1092	-11.4839	19.16	-5.7952
5	1.1552	-0.8441	-0.3798	2.2726	0.9774	0.9904	-0.0966	-0.0373	-0.2033	-0.0658	0.1325	0.1914	0.0555	-0.0549	-0.0359	0.1317	-0.0683	-0.0063	0.1126	0.0105	0.1919	-22.8491	6.5731	-9.4928
6	5.0333	-0.7701	-2.0789	2.5066	1.6244	3.223	-0.217	0.5519	-0.2685	-0.2726	0.0317	0.3253	-0.0485	-0.1584	0.1853	0.2204	-0.1293	-0.0364	0.1995	-0.0596	0.1546	-21.5073	-10.5322	-19.7285
7	5.5507	0.2462	-0.2249	3.1255	3.4062	7.1924	-0.0834	0.3324	-0.1285	0.0036	0.0914	0.0545	0.0823	-0.0999	-0.0079	0.0072	-0.0008	0.0017	0.0714	0.0028	0.0645	-42.1302	32.6021	-14.255
8	2.693	-4.8126	6.3047	8.6513	-11.7589	31.7575	0.4183	-0.0338	-0.1356	-0.7322	0.0912	0.1613	1.2867	-0.3119	-0.5095	0.1302	-0.0265	-0.0284	0.1009	-0.032	0.2265	-13.5167	10.2292	-16.8484

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	389 - 506
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	507 - 554
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	555 - 599
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	389 - 508
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	509 - 556
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	557 - 605
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	7 - 13
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	6 - 18

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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