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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ewh | ||||||
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タイトル | Co-crystal structure of ACK1 with inhibitor | ||||||
要素 | Activated CDC42 kinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Drug Design (医薬品設計) / Enzyme Inhibitors (酵素阻害剤) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of clathrin-dependent endocytosis / cytoophidium / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / WW domain binding / クラスリン / small GTPase-mediated signal transduction / epidermal growth factor receptor binding / クラスリン / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / cytoophidium / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / WW domain binding / クラスリン / small GTPase-mediated signal transduction / epidermal growth factor receptor binding / クラスリン / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 接着結合 / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / エンドサイトーシス / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / エンドソーム / リン酸化 / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, J. / Walker, N. / Wang, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012 タイトル: Synthesis and optimization of substituted furo[2,3-d]-pyrimidin-4-amines and 7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amines as ACK1 inhibitors. 著者: Jiao, X. / Kopecky, D.J. / Liu, J. / Liu, J. / Jaen, J.C. / Cardozo, M.G. / Sharma, R. / Walker, N. / Wesche, H. / Li, S. / Farrelly, E. / Xiao, S.H. / Wang, Z. / Kayser, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ewh.cif.gz | 118.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ewh.ent.gz | 98.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ewh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31503.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNK2, ACK1 参照: UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.72 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: vapor diffusion, temperature 298K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→100.173 Å / Num. obs: 21086 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 16.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.788 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.98 / ESU R Free: 0.378 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.85 Å2 / Biso mean: 51.1283 Å2 / Biso min: 22.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→100 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20 /
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