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- PDB-4ep7: Functional implications from the Cid1 poly(U) polymerase crystal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ep7
タイトルFunctional implications from the Cid1 poly(U) polymerase crystal structure
要素Poly(A) RNA polymerase protein cid1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / poly(U) polymerase / UTP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


polyuridylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / UTP binding / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding ...polyuridylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / UTP binding / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / Poly(a)-polymerase, middle domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich ...Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / Poly(a)-polymerase, middle domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / Terminal uridylyltransferase cid1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2805 Å
データ登録者Munoz-Tello, P. / Gabus, C. / Thore, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Functional implications from the cid1 poly(u) polymerase crystal structure.
著者: Munoz-Tello, P. / Gabus, C. / Thore, S.
履歴
登録2012年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(A) RNA polymerase protein cid1
B: Poly(A) RNA polymerase protein cid1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,08211
ポリマ－77,9432
非ポリマー1,1389
水4,396244
1
A: Poly(A) RNA polymerase protein cid1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5536
ポリマ－38,9721
非ポリマー5815
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Poly(A) RNA polymerase protein cid1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5295
ポリマ－38,9721
非ポリマー5574
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.490, 76.860, 81.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Poly(A) RNA polymerase protein cid1 / Caffeine-induced death protein 1


分子量: 38971.660 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 40-377 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: cid1, SPAC19D5.03 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O13833, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / ウリジン三リン酸


分子量: 484.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 0.1M Imidatole/MES pH 6.1, 20% Glycerol, 10% PEG 4000, 42mM NaI, 42mM NaBr, 42mM NaF., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9811 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月5日
放射モノクロメーター: Channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→45.193 Å / Num. obs: 29999 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2.64 / Observed criterion σ(I): 2.64 / 冗長度: 2.79 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.27-2.32.64711159.3
2.3-2.43.933501199.2
2.4-2.54.642942199.2
2.5-37.549607199.3
3-415.887653199.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_353)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2805→45.193 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2472 1500 5 %RANDOM
Rwork0.1877 ---
obs0.1907 29996 98.74 %-
all-29996 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.058 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.926 Å2-0 Å22.7324 Å2
2---8.3656 Å20 Å2
3---2.4396 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2805→45.193 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5146 0 65 244 5455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115459
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1127188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8322049
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071778
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004898
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2805-2.35410.28641330.2032540X-RAY DIFFRACTION97
2.3541-2.43830.2881370.19312587X-RAY DIFFRACTION99
2.4383-2.53590.25421360.192589X-RAY DIFFRACTION100
2.5359-2.65130.25161360.18342588X-RAY DIFFRACTION99
2.6513-2.79110.25911360.18252589X-RAY DIFFRACTION99
2.7911-2.96590.29511370.18912604X-RAY DIFFRACTION99
2.9659-3.19480.24011370.18222599X-RAY DIFFRACTION99
3.1948-3.51620.26651360.17412592X-RAY DIFFRACTION99
3.5162-4.02480.19361380.16682605X-RAY DIFFRACTION99
4.0248-5.06970.20691360.16092590X-RAY DIFFRACTION98
5.0697-45.20210.24681380.20972613X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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