- PDB-4ep1: Crystal structure of anabolic ornithine carbamoyltransferase from... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4ep1
タイトル
Crystal structure of anabolic ornithine carbamoyltransferase from Bacillus anthracis
要素
Ornithine carbamoyltransferaseオルニチントランスカルバミラーゼ
キーワード
TRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / trimer / ornithine carbamoyltransferase (オルニチントランスカルバミラーゼ)
解像度: 3.25→3.31 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 793 / Rsym value: 0.931 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
REFMAC
5.6.0117
精密化
PDB_EXTRACT
3.11
データ抽出
HKL-3000
データ収集
HKL-3000
データ削減
HKL-3000
データスケーリング
HKL-3000
位相決定
MOLREP
位相決定
Coot
モデル構築
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: SwissModel-generated model 解像度: 3.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 36.408 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2091
856
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.1704
-
-
-
all
0.1724
16102
-
-
obs
0.1724
16002
99.38 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK